NBDC Research ID: hum0563.v1
研究内容の概要
目的： 体細胞遺伝子における変異負荷および免疫関連遺伝子発現を解析し、抗腫瘍免疫応答の詳細な機序を解明する
方法： whole exome sequencingおよびRNA sequencing
対象： 胃がん 11症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000894 | NGS（Exome、RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2026/04/16 |
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分子データ
| 対象 |
胃がん（ICD10：C16）：10症例 腫瘍組織と非腫瘍組織（末梢血）のペア：20検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon V6 kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp x 2 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD001038 |
| 総データ量 | 325.4 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
胃がん（ICD10：C16）：9症例 腫瘍組織：治療前 9検体、治療後 8検体 合計17検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Stranded mRNA Sample Prep Kit |
| 断片化の方法 | 化学的断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD001038 |
| 総データ量 | 325.4 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 小山 正平
所 属 機 関： 国立がん研究センター 免疫ゲノム解析部門
プロジェクト/研究グループ名：胃癌におけるマクロファージのリプログラミングに関する検討
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） ムーンショット型研究開発等事業 | 慢性炎症の制御によるがん発症ゼロ社会の実現 | JP22zf0127009 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療加速化研究事業 | プライミング相の免疫調節による治療効果持続型の新規免疫療法戦略の開発 | JP23ama221329 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的がん医療実用化研究事業 | がん細胞上の免疫抑制分子を標的とした分子標的-免疫一体型治療の樹立 | JP23ck0106796 |
| 国⽴がん研究センター研究開発費 | 先進的免疫ゲノム解析確⽴に向けた検体バンキングと網羅解析基盤の樹⽴ | 2024-A-03 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Lenvatinib combined with PD-1 blockade therapy benefits gastric cancers through immunosuppressive macrophage modulation | JGAD001038 | |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
