NBDC Research ID: hum0551.v1
研究内容の概要
目的：アレルギー疾患に対する効果的な予防法、治療法の開発を目指したゲノム基盤の構築
方法： SNPアレイ解析により遺伝子型決定を行い、ゲノムワイド関連解析を行った。また、EAGLE Rhinitis ConsortiumよりGWAS統計データの提供を受け、メタ解析を行った。
対象：
日本人一般集団43,834名（症例20,492名、対照23,342名）のアレルギー感作GWASメタ解析
日本人一般集団43,834名（症例20,492名、対照23,342名）とヨーロッパ人一般集団25,032名（症例8,246名、対照16,786名）のアレルギー感作GWASメタ解析
日本人一般集団21,932名（症例4,923名、対照17,009名）の多感作GWASのメタ解析
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| hum0551.v1.gwas.v1 | アレルギー感作のGWAS統計量のメタ解析 | 非制限公開 | 2026/02/05 |
※リリース情報はこちら
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分子データ
| 対象 |
日本人一般集団43,834名（アレルギー感作20,492名、対照23,342名） 日本人一般集団43,834名（アレルギー感作20,492名、対照23,342名）とヨーロッパ人一般集団25,032名（アレルギー感作8,246名、対照16,786名） 日本人一般集団21,932名（アレルギー多感作4,923名、対照17,009名） |
| 規模 | genome wide SNPs |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform |
Illumina [Infinium Asian Screening Array] Thermo Fisher Scientific [Axiom Japonica Array v2] |
| ソース | 末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（キット名、バージョン） | Axiome Japonica array version 2、Infinium™ Asian Screening Array-24 v1.0 |
| 遺伝子型決定アルゴリズム（ソフトウェア） |
遺伝子型決定：GenomeStudio ハプロタイプフェージング：Shapeit2 インピュテーション：Minimac4 |
| 解析方法（ソフトウェア） |
SAIGE：日本人集団の関連解析を実施。年齢、性別、主成分（上位10成分）を共変量として使用。 METAL：日本人集団と欧州集団のメタ解析を実施 欧州集団のGWASサマリー統計量はEAGLE Rhinitis Consortiumより提供を受けた |
| フィルタリング | 日本人：Rsq > 0.7 |
| マーカー数（QC後） |
日本人：5,189,598 日本人とヨーロッパ人：4,589,330 多感作：5,049,687 |
| NBDC Dataset ID |
（データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください） |
| 総データ量 | 1.5 GB（txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 野口 恵美子
所 属 機 関： 筑波大学医学医療系 遺伝医学
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 特別研究員奨励費 | HLAの多様性がアレルギーに与える影響をビッグデータ解析により解明する | 21J11802 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | ゲノムデータに基づくアレルギー疾患発症予測法の開発 | 23H03143 |
| 日本医療研究開発機構（AMED）免疫アレルギー疾患実用化研究事業 | 疾患コホートと一般コホート研究の組み合わせによるアレルギー疾患発症ならびにアレルゲン免疫応答を予測するためのゲノム基盤構築 | JP20ek0410076 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） ゲノム医療実現バイオバンク利活用プログラム（B-Cure） | 大規模ゲノム解析に必要な計算基盤構築とゲノム解析に関する研究 | JP21tm0424601 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | A genome-wide meta-analysis reveals shared and population-specific variants for allergic sensitization | doi: 10.1016/j.jaci.2024.11.033 | hum0551.v1.gwas.v1 |
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