NBDC Research ID: hum0519.v1

 

研究内容の概要

目的：自己免疫疾患においては、自己成分に対して免疫細胞が反応することが知られている。本研究では、通常は存在しない、もしくは機能的に抑制・無力化されていると考えられる自己反応性免疫担当細胞を同定し、詳細に解析することにより、自己免疫疾患の病態解明、ひいては医学の発展に寄与する事を目的とする。

方法：シングルセルRNAシークエンス/TCRレパトア解析

対象：抗SSA抗体陽性のシェーグレン症候群由来の唾液腺組織

 

データID内容制限公開日
JGAS000808 NGS（scRNA-seq/TCRレパトア解析） 制限公開（Type I） 2026/02/10

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分子データ

scRNA-seq/TCRレパトア解析
対象

シェーグレン症候群（ICD10：M350）：8症例

   唾液腺組織：8検体
規模 scRNA-seq/TCRレパトア解析
対象領域（Target Captureの場合） -
Platform Illumina [HiSeq X]
ライブラリソース 唾液腺組織より取得したT細胞より抽出したRNA
検体情報（購入の場合） -
ライブラリ作製方法（キット名） Chromium Next GEM Single Cell 5’ Kit
断片化の方法 上記キットに準拠
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） 150 bp
マッピング方法 Cell Ranger（version 5.0.1）
リファレンス配列 GRCh38（reference_accession: GCA_000001405.15）
リードカウント決定アルゴリズム（ソフトウェア） Cell Ranger（version 5.0.1）
遺伝子数 約1000-1500
レパトア解析方法（ソフトウェア） Cell Ranger（version 5.0.1）
フィルタリング（QC）方法 Cell Ranger（version 5.0.1）
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000950
総データ量 270.2 GB（bam、csv）
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提供者情報

研究代表者： 竹下 勝

所 属 機 関： 慶應義塾大学医学部 リウマチ・膠原病内科

プロジェクト/研究グループ名：-

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
JSR・JKiC次世代プロジェクト 自己免疫疾患の抗原特異性の詳細解析による疾患制御法の確立 -
科学研究費助成事業 若手研究 自己免疫疾患の根治を目標とする抗原特異性と遺伝子発現のシングルセル統合解析 20K17430
科学研究費助成事業 基盤研究（C） 自己免疫疾患の病変部位における自己抗体の産生機構の解明 22K08528
慶應義塾大学 学事振興資金 自己免疫疾患の病変局所における自己免疫機構の解明と抗原特異的免疫抑制療法の開発 -
慶應義塾大学 福澤基金 自己免疫の全容解明と抗原特異的免疫抑制療法の実用化 -
慶應義塾大学 次世代研究プロジェクト推進プログラム 自己免疫応答の場としてとらえる唾液腺病変の包括的解明 -
持田記念医学薬学振興財団 研究助成 シェーグレン症候群の病変組織における自己免疫機構の解明と抗原特異的免疫抑制療法の開発 -
興和生命科学振興財団 研究助成 シェーグレン症候群の病変部位における自己免疫反応に関わる分子機構の解明 -
武田科学振興財団 医学系研究助成 自己免疫疾患の病変局所における自己免疫機構の解明 -
アステラス病態代謝研究会 研究助成 自己免疫疾患の自己免疫応答に関わる分子標的の同定 -
先進医薬研究振興財団 血液医学分野 一般研究助成 シェーグレン症候群の自己抗原特異的免疫抑制療法の開発 -
中冨健康科学振興財団 関節リウマチ由来滑膜線維芽細胞を用いた人工滑膜の創生 -
高橋産業経済研究財団 自己免疫疾患に対する抗原特異的免疫抑制療法の実用化 -
日本ワックスマン財団 学術研究助成金 自己免疫と炎症の両面から迫る自己免疫疾患の分子病態解析 -
冲中成人病研究所 研究費助成 自己免疫の維持に関わる分子機構の解明 -

 

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制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間