NBDC Research ID: hum0517.v1
研究内容の概要
目的：婦人科悪性腫瘍症例由来の腫瘍組織あるいは細胞を用いて、抗腫瘍効果や生物学的な活性をin vivoで評価するための最適な方法を確立し、実際に当該方法を用いて評価することにより、婦人科がんの新規治療法の開発に貢献すること。
方法： Whole Exome Sequencing解析
対象： 子宮体がん30症例の腫瘍組織、および腫瘍組織を免疫不全マウスに移植したpatient-derived xenograft（PDX）において増殖した腫瘍組織
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000809 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2025/06/17 |
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分子データ
| 対象 |
子宮体がん（ICD10：C549）：30症例 腫瘍組織 30検体 PDX腫瘍組織 31検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織およびPDX腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Agilent SureSelect Clinical Research panel v2 |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 75 bp |
| マッピング方法 | BWA-MEM（v0.7.15） |
| マッピングクオリティ | Mutect2（GATK v4.1.1.0）で変異コール時にMAPQ<20のリードを除外 |
| マッピングの際のリファレンス配列 | GRCh37 |
| 平均カバー率（Depth） | 115x |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000951 |
| 総データ量 | 970.6 GB（bam） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 長谷川 幸清
所 属 機 関： 埼玉医科大学国際医療センター 婦人科腫瘍科
プロジェクト/研究グループ名： EC-PDXプロジェクト
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Establishing a comprehensive panel of patient-derived xenograft models for high-grade endometrial carcinoma: molecular subtypes, genetic alterations, and therapeutic target profiling | doi: 10.1016/j.neo.2025.101158 | JGAD000951 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
