NBDC Research ID: hum0477.v1

 

研究内容の概要

目的： 日本人の死亡原因の第一位はがんであり、いまだ増加傾向にある。近年、生体におけるがんはがん細胞のみならず線維芽細胞や免疫細胞など様々な細胞から構成される微小環境・がん間質ががんの増殖、浸潤、転移、治療抵抗性に深く関与していることが報告されている。オルガノイドは、器官特異的な立体構造や機能を再現でき、ヒトを対象とした疾患研究・生物医学研究・再生医療への活用に期待が集まっている。本研究は、消化管がんの治療成績の向上を目的とし、群馬大学医学部附属病院外科診療センターで治療を受けた消化管腫瘍およびその疑い患者から診断および治療上不都合のないように組織を採取し、オルガノイド培養やDish培養を行い、その特性およびがん細胞と微小環境の関連メカニズムについて解析し、消化管腫瘍における新たな治療を開発することを目指す。本研究により、消化管腫瘍の新たなメカニズムや新規治療標的の同定、新規治療の開発が期待される。

方法： Bifidobacterium longum subsp. longum（B. longum：ビフィドバクテリウム ロンガム 亜種 ロンガム）と、腸管オルガノイド由来上皮細胞もしくはCaco-2細胞を24時間共培養後、あるいは、共培養前の上皮細胞とCaco-2細胞を対象にRNA-seq解析を行った。

対象： 大腸がん患者由来非腫瘍組織：B. longumとの共培養前後各1検体

            Caco-2細胞：B.longumとの共培養前後各1検体

 

データID内容制限公開日
JGAS000740 NGS（RNA-seq） 制限公開（Type I） 2024/10/16

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分子データ

JGAS000740
対象

・大腸がん（ICD10: C18.6）患者由来の健常腸管オルガノイド由来上皮細胞

      B. longumとの共培養前：1検体

      B. longumとの共培養後：1検体

・Caco-2細胞

      B. longumとの共培養前：1検体

      B. longumとの共培養後：1検体
規模 RNA-seq
対象領域（Target Captureの場合） -
Platform Illumina [NextSeq 1000]
ライブラリソース 上皮細胞またはCaco-2細胞より抽出したRNA
検体情報（購入の場合） Caco-2細胞
ライブラリ作製方法（キット名） Illumina Stranded mRNA Prep、IDT for Illumina RNA UD Indexes Set A-B Ligation
断片化の方法 高温条件下での陽イオンによる断片化
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） 100 bp x 2
解析ソフトウェア マッピング：HISAT2
リファレンス配列 GRCh38
フィルタリング（QC）方法 FastQC
解析対象遺伝子数 60,606 遺伝子
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000875
総データ量 16.0 GB（fastq、csv）
コメント（利用にあたっての制限事項） NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者：佐々木 伸雄

所 属 機 関：群馬大学 生体調節研究所 粘膜エコシステム制御分野

プロジェクト/研究グループ名：-

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
日本医療研究開発機構（AMED） 次世代治療・診断実現のための創薬基盤技術開発事業 ヒューマン粘膜エコシステムを標的とした腸内細菌創薬プラットフォーム開発研究 JP23ae0121046
国立研究開発法人科学技術振興機構（JST） 創発的研究支援事業 組織幹細胞を制御する“加菌”システムの開発 JPMJFR2161
科学研究費助成事業 基盤研究（B） 次世代型オルガノイドライブラリー構築による腸内環境依存的な発癌機構の理解 23H02713
科学研究費助成事業 挑戦的研究（開拓） ヒト腸内エコシステムin vitro再現系を利用した細菌変動予測モデルの構築 23K17415

 

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