NBDC Research ID: hum0465.v1
研究内容の概要
目的： 急性白血病の中でも、急性骨髄性白血病および急性リンパ性白血病の両方の形質を有する混合形質性急性白血病（以下、mixed phenotype acute leukemiae：MAPL）は、総じて化学療法に抵抗性があるとされており、中でもt(9;22)を有する症例は予後不良であり、克服すべき課題である。本疾患は全急性白血病の1％未満とされており、その疾患の希少性から、疾患治療法開発を進めるための臨床研究を実施しにくいというのが現状である。そこで我々は、MPAL症例の急性白血病細胞（MPAL細胞）から細胞株を樹立し、疾患発症に関わる遺伝子変異などを解析することで、治療に役立てることを目的に本研究を計画した。
方法： MPAL症例の骨髄検体から樹立した急性白血病細胞株（JMPA-1）のゲノム解析
対象： 急性混合型白血病1症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000721 | NGS（Exome、RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2024/07/25 |
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分子データ
| 対象 |
急性混合型白血病（ICD10：C950）：1症例 骨髄検体より樹立した急性白血病細胞株：1検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NextSeq 500] |
| ライブラリソース | 細胞株から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect XT Human All Exon V7 kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 200 bp |
| マッピング方法 | Genomon2 |
| マッピングクオリティ | マッピングされた塩基数/参照ゲノムと異なる塩基数 10,837,871,473 / 32,768,322 |
| マッピングの際のリファレンス配列 | hg19 |
| 平均カバー率（Depth） | 30x ratio = 0.945 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000854 |
| 総データ量 | 10 GB （bam） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
急性混合型白血病（ICD10：C950）：1症例 骨髄検体より樹立した急性白血病細胞株：1検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NextSeq 500] |
| ライブラリソース | 細胞株から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq RNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | TruSeq RNA Library Prep Kit |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| マッピング方法 | Genomon-RNA |
| マッピングクオリティ | - |
| マッピングの際のリファレンス配列 | hg19 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000854 |
| 総データ量 | 10 GB （bam） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 石井 敬人
所 属 機 関： 東京慈恵会医科大学 腫瘍・血液内科
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
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関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
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