NBDC Research ID: hum0456.v1
研究内容の概要
目的： 傍鞍部頭蓋底腫瘍や悪性神経膠腫の遺伝子情報と臨床情報の総合的な解析により、病態機序や病勢を規定する遺伝因子を解明することで、予防やオーダーメイド医療につながる臨床上有用な結果を得られると期待される。
方法： 摘出した腫瘍検体から得られた細胞懸濁液をChromium Controllerにより処理し、10×Chromium Next GEM single-cell 3ʹ試薬キットとライブラリー構築キットを使用して調製・定量・品質評価後、NovaSeq 6000にてsingle cell RNA-seqを実施
対象： 頭蓋咽頭腫10症例の手術摘出検体
URL： https://www.m.chiba-u.ac.jp/class/moldiag
https://www.m.chiba-u.ac.jp/dept/neurosurgery/
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000722 | NGS（scRNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2024/07/17 |
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分子データ
| 対象 |
頭蓋咽頭腫（ICD10：C752）：10症例 腫瘍組織：10検体 |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell 3ʹ Reagent Kits |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000855 |
| 総データ量 | 296.3 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者：松田 達磨
所 属 機 関：千葉大学大学院医学研究院 分子病態解析学
プロジェクト/研究グループ名：傍鞍部頭蓋底腫瘍及び、悪性神経膠腫組織を用いた分子生物学的解析による腫瘍の形成と機能的分化における分子病態の検討
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 脂肪や血管組織老化に伴う機能変容における老化関連長鎖非コードRNAの基盤的研究 | 21H02974 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | ミトコンドリア複合体と制御メカニズム解析から捉える肥満・糖尿病の分子病態研究 | 19H03708 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | p53転写因子複合体によるクロマチン機能調節とiPSリプログラム制御機構の解明 | 22300325 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Deciphering craniopharyngioma subtypes: Single-cell analysis of tumor microenvironment and immune networks | JGAD000855 | |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
