NBDC Research ID: hum0371.v1
研究内容の概要
目的： 慢性肝炎、肝硬変、肝癌など肝臓病は国民の健康に多大な影響を与えている。我が国の肝臓病の大半はB型肝炎ウイルス、C型肝炎ウイルス等の肝炎ウイルス感染症で、ウイルス遺伝子の違いによって肝炎の病態が異なり、抗ウイルス療法の治療効果にもウイルス遺伝子が影響する。一方、宿主の遺伝子やその発現も病態に関与している。ポストゲノム時代の現在ではゲノム解析、トランスクリプトーム解析が行われる一方、質量分析によるプロテオーム研究も重要になっている。また、慢性肝炎や脂肪肝の病態と腸内細菌の関連が明らかになり、薬剤奏効性との関連性も示唆されている。本研究の目的は、これらのDNA、RNA、蛋白質に関する網羅的・包括的解析の手法を用い、ウイルス側、宿主側の両面から、肝臓疾患の診断と病態把握に役立つ遺伝子関連情報を得て日常診療に役立てる、更には疾患の早期発見、治療後の予後予測に結び付けられる方法を開発することである。
方法： 16Sメタゲノミクス解析
対象： 糖尿病を併発する非アルコール性脂肪性肝炎（マッテオーニ分類3もしくは4と病理診断された）20症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000574 | メタゲノム | 制限公開（Type I） | 2022/12/22 |
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分子データ
| 対象 |
糖尿病を併発する非アルコール性脂肪性肝炎（ICD10: K75.81）：20症例 マッテオーニ分類3もしくは4と病理診断された症例 |
| 規模 | メタゲノム |
| 対象領域（Target Captureの場合） | 16S rDNA |
| Platform | Illumina [MiSeq] |
| ライブラリソース | 糞便より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Illumina 16S Metagenomic Sequencing Library Preparation protocol、Nextera XT Index Kit v2 Set A |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 301 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000700 |
| 総データ量 | 845 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 建石 良介
所 属 機 関： 東京大学医学部附属病院 消化器内科
プロジェクト/研究グループ名：肝臓疾患に関与する遺伝子とタンパク質の探索に関する研究
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 肝炎等克服実用化研究事業 | ウイルス性肝疾患を含む代謝関連肝がん発生の病態解明に関する研究 | JP20fk0210040 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Gut insulin action protects from hepatocarcinogenesis in diabetic mice comorbid with nonalcoholic steatohepatitis | doi: 10.1038/s41467-023-42334-y | JGAD000700 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
