NBDC Research ID: hum0317.v1
研究内容の概要
目的： 外科的切除、放射線治療、抗がん剤治療を検討している、またはすでに開始しているがん患者を対象に、患者検体を用いたPatient-Derived Xenograft（PDX）モデルを作製し、ヒト生体組織に近似した形での抗悪性腫瘍薬の薬物動態・治療効果解析研究を行う。
方法： 患者腫瘍およびPDX腫瘍からDNA・RNAを抽出し、whole exome sequencing解析ならびにRNA-seq解析を実施した。
対象： ドライバー遺伝子異常を持つ非小細胞肺がん4症例（計33検体）
URL： https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/molecular_pharmacology/project/040/20170918202513.html
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000413 | NGS（Exome、RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2021/12/06 |
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分子データ
| 対象 |
非小細胞肺がん（ICD10：C349） 患者生殖細胞系列細胞：3症例3検体 患者腫瘍組織：4症例4検体 PDX腫瘍組織：4症例12検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 患者生殖細胞系列細胞、患者腫瘍およびPDX腫瘍から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Twist Comprehensive Exome Kit |
| 断片化の方法 | 酵素処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000530 |
| 総データ量 | 228 GB（bam [ref: hg38/mm10]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
非小細胞肺がん（ICD10：C349） 患者腫瘍組織：2症例2検体 PDX腫瘍組織：4症例12検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 患者腫瘍およびPDX腫瘍から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 熱処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000530 |
| 総データ量 | 53 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 濱田 哲暢
所 属 機 関： 国立がん研究センター研究所 分子薬理研究分野
プロジェクト/研究グループ名： J-PDXライブラリープロジェクト
URL： https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/molecular_pharmacology/project/040/20170918202513.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 医療研究開発革新基盤創成事業 | がん医療推進のための日本人がん患者由来PDXライブラリー整備事業 | JP17pc0101011 |
| 国立がん研究センターがん研究開発費 | ヒト腫瘍内多様性を正しく反映するPDX樹立手法の開発 | 31-A-3 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 医薬品等規制調和・評価研究事業 | PDXモデルを用いた非臨床試験の実施に係る標準化に関する研究 | JP21mk0101181 |
| 科学研究費助成事業 若手研究 | 遺伝子変異を有する非小細胞肺がんのPDXモデル樹立と新薬開発の基盤研究 | 18K15296 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Comparative study on the efficacy and exposure of molecular target agents in non-small cell lung cancer PDX models with driver genetic alterations | doi: 10.1158/1535-7163.MCT-21-0371 | JGAD000530 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 中岡 博史 | 公益財団法人佐々木研究所 腫瘍ゲノム研究部 | 日本 | 肺がん遺伝子解析研究 | JGAD000530 | 2022/08/06-2023/03/31 |
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000530 | 2022/12/26-2025/03/31 |
