NBDC Research ID: hum0317.v1

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研究内容の概要

目的: 外科的切除、放射線治療、抗がん剤治療を検討している、またはすでに開始しているがん患者を対象に、患者検体を用いたPatient-Derived Xenograft(PDX)モデルを作製し、ヒト生体組織に近似した形での抗悪性腫瘍薬の薬物動態・治療効果解析研究を行う。

方法: 患者腫瘍およびPDX腫瘍からDNA・RNAを抽出し、whole exome sequencing解析ならびにRNA-seq解析を実施した。

対象: ドライバー遺伝子異常を持つ非小細胞肺がん4症例(計33検体)

URL: https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/molecular_pharmacology/project/040/20170918202513.html

 

データID内容制限公開日
JGAS000413 NGS(ExomeRNA-seq 制限公開(Type I) 2021/12/06

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分子データ

Exome

対象

非小細胞肺がん(ICD10:C349)

    患者生殖細胞系列細胞:3症例3検体

    患者腫瘍組織:4症例4検体

    PDX腫瘍組織:4症例12検体

規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 患者生殖細胞系列細胞、患者腫瘍およびPDX腫瘍から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Twist Comprehensive Exome Kit
断片化の方法 酵素処理
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 150 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000530
総データ量 228 GB(bam [ref: hg38/mm10])
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

RNA-seq

対象

非小細胞肺がん(ICD10:C349)

    患者腫瘍組織:2症例2検体

    PDX腫瘍組織:4症例12検体

規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 患者腫瘍およびPDX腫瘍から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit
断片化の方法 熱処理
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 150 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000530
総データ量 53 GB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 濱田 哲暢

所 属 機 関: 国立がん研究センター研究所 分子薬理研究分野

プロジェクト/研究グループ名: J-PDXライブラリープロジェクト

URL: https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/molecular_pharmacology/project/040/20170918202513.html

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
日本医療研究開発機構(AMED) 医療研究開発革新基盤創成事業 がん医療推進のための日本人がん患者由来PDXライブラリー整備事業 JP17pc0101011
国立がん研究センターがん研究開発費 ヒト腫瘍内多様性を正しく反映するPDX樹立手法の開発 31-A-3
日本医療研究開発機構(AMED) 医薬品等規制調和・評価研究事業 PDXモデルを用いた非臨床試験の実施に係る標準化に関する研究 JP21mk0101181
科学研究費助成事業 若手研究 遺伝子変異を有する非小細胞肺がんのPDXモデル樹立と新薬開発の基盤研究 18K15296

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Comparative study on the efficacy and exposure of molecular target agents in non-small cell lung cancer PDX models with driver genetic alterations doi: 10.1158/1535-7163.MCT-21-0371 JGAD000530
2

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間
中岡 博史 公益財団法人佐々木研究所 腫瘍ゲノム研究部 日本 肺がん遺伝子解析研究 JGAD000530 2022/08/06-2023/03/31
浜田 道昭 早稲田大学 理工学術院 日本 RNA標的創薬データベースの構築 JGAD000530 2022/12/26-2025/03/31