NBDC Research ID: hum0317.v2

 

研究内容の概要

目的: 外科的切除、放射線治療、抗がん剤治療を検討している、または既に治療を開始しているがん患者の腫瘍組織を用いたPatient-Derived Xenograft(PDX)モデルを作製し、ヒト生体組織に近似した形での抗悪性腫瘍薬の薬物動態・治療効果解析研究を行う。

方法: 患者由来の腫瘍組織、ならびに、PDX由来の腫瘍組織からDNA・RNAを抽出し、whole exome sequencing解析ならびにRNA-seq解析を実施した。

対象: - ドライバー遺伝子異常を持つ非小細胞肺がん4症例(計33検体)

            - 何らかの腫瘍を保有する52症例(生殖細胞系列細胞44検体、PDX腫瘍組織52検体)

URL: https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/molecular_pharmacology/project/040/20170918202513.html

 

データID内容制限公開日
JGAS000413 NGS(ExomeRNA-seq 制限公開(Type I) 2021/12/06
JGAS000707 NGS(ExomeRNA-seq 制限公開(Type I) 2024/06/20

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分子データ

Exome

対象

非小細胞肺がん(ICD10:C349)

    患者生殖細胞系列細胞:3症例3検体

    患者腫瘍組織:4症例4検体

    PDX腫瘍組織:4症例12検体

がん(ICD10:C00-C97)

    患者生殖細胞系列細胞:44症例44検体

    PDX腫瘍組織:52症例52検体

規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 患者生殖細胞系列細胞、患者腫瘍およびPDX腫瘍から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Twist Comprehensive Exome Kit
断片化の方法 酵素処理
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 150 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID

非小細胞肺がん:JGAD000530

がん:JGAD000840

総データ量

JGAD000530:228 GB(bam [ref: hg38/mm10])

JGAD000840:927.4 GB(bam [ref: hg38/mm10])

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RNA-seq

対象

非小細胞肺がん(ICD10:C349)

    患者腫瘍組織:2症例2検体

    PDX腫瘍組織:4症例12検体

がん(ICD10:C00-C97)

    PDX腫瘍組織:51症例51検体

規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 患者腫瘍およびPDX腫瘍から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit
断片化の方法 熱処理
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 150 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID

非小細胞肺がん:JGAD000530

がん:JGAD000840

総データ量

JGAD000530:53 GB(fastq)

JGAD000840:927.4 GB(fastq)

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提供者情報

研究代表者: 濱田 哲暢

所 属 機 関: 国立がん研究センター研究所 分子薬理研究分野

プロジェクト/研究グループ名: J-PDXライブラリープロジェクト

URL: https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/molecular_pharmacology/project/040/20170918202513.html

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
日本医療研究開発機構(AMED) 医療研究開発革新基盤創成事業(CiCLE) がん医療推進のための日本人がん患者由来PDXライブラリー整備事業 JP17pc0101011
国立がん研究センターがん研究開発費 ヒト腫瘍内多様性を正しく反映するPDX樹立手法の開発 31-A-3
日本医療研究開発機構(AMED) 医薬品等規制調和・評価研究事業 PDXモデルを用いた非臨床試験の実施に係る標準化に関する研究 JP21mk0101181
科学研究費助成事業 若手研究 遺伝子変異を有する非小細胞肺がんのPDXモデル樹立と新薬開発の基盤研究 18K15296
日本医療研究開発機構(AMED) 医療研究開発革新基盤創成事業(CiCLE) 希少がんならびに難治性がんに対する抗がん剤治療開発を加速させる創薬研究手法に関する研究 JP20pc0101051

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Comparative study on the efficacy and exposure of molecular target agents in non-small cell lung cancer PDX models with driver genetic alterations doi: 10.1158/1535-7163.MCT-21-0371 JGAD000530
2 A molecular glue RBM39-degrader induces synthetic lethality in cancer cells with homologous recombination repair deficiency doi: 10.1038/s41698-024-00610-0 JGAD000840

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間
中岡 博史 公益財団法人佐々木研究所 腫瘍ゲノム研究部 日本 肺がん遺伝子解析研究 JGAD000530 2022/08/06-2023/03/31
浜田 道昭 早稲田大学 理工学術院 日本 RNA標的創薬データベースの構築 JGAD000530 2022/12/26-2025/03/31