NBDC Research ID: hum0317.v3
研究内容の概要
目的： 外科的切除、放射線治療、抗がん剤治療を検討している、または既に治療を開始しているがん患者の腫瘍組織を用いたPatient-Derived Xenograft（PDX）モデルを作製し、ヒト生体組織に近似した形での抗悪性腫瘍薬の薬物動態・治療効果解析研究を行う。
方法： 患者由来の腫瘍組織、ならびに、PDX由来の腫瘍組織からDNA・RNAを抽出し、whole exome sequencing解析ならびにRNA-seq解析を実施した。
対象： - ドライバー遺伝子異常を持つ非小細胞肺がん4症例（計33検体）
- 何らかの腫瘍を保有する52＋269症例（生殖細胞系列細胞44＋269検体、PDX腫瘍組織52＋269検体、患者腫瘍組織125検体）
URL： https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/molecular_pharmacology/project/040/20170918202513.html
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000413 | NGS（Exome、RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2021/12/06 |
| JGAS000707 | NGS（Exome、RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2024/06/20 |
| JGAS000853 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2025/11/18 |
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分子データ
| 対象 |
非小細胞肺がん（ICD10：C349） 患者生殖細胞系列細胞：3症例 3検体 患者腫瘍組織：4症例 4検体 PDX腫瘍組織：4症例 12検体 がん（ICD10：C00-C97） 患者生殖細胞系列細胞：44＋269症例 44＋269検体 患者腫瘍組織：125症例 125検体 PDX腫瘍組織：52＋269症例 52＋795検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 患者生殖細胞系列細胞、患者腫瘍およびPDX腫瘍から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Twist Comprehensive Exome Kit |
| 断片化の方法 | 酵素反応、超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID |
非小細胞肺がん：JGAD000530 がん（52症例）：JGAD000840 がん（269症例）：JGAD000995 |
| 総データ量 |
JGAD000530：228 GB（bam [ref: hg38/mm10]） JGAD000840：927.4 GB（bam [ref: hg38/mm10]） JGAD000995：9.7 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
非小細胞肺がん（ICD10：C349） 患者腫瘍組織：2症例2検体 PDX腫瘍組織：4症例12検体 がん（ICD10：C00-C97） PDX腫瘍組織：51症例51検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 患者腫瘍およびPDX腫瘍から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 熱処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID |
非小細胞肺がん：JGAD000530 がん：JGAD000840 |
| 総データ量 |
JGAD000530：53 GB（fastq） JGAD000840：927.4 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 濱田 哲暢
所 属 機 関： 国立がん研究センター研究所 分子薬理研究分野
プロジェクト/研究グループ名： J-PDXライブラリープロジェクト
URL： https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/molecular_pharmacology/project/040/20170918202513.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 医療研究開発革新基盤創成事業（CiCLE） | がん医療推進のための日本人がん患者由来PDXライブラリー整備事業 | JP17pc0101011 |
| 国立がん研究センターがん研究開発費 | ヒト腫瘍内多様性を正しく反映するPDX樹立手法の開発 | 31-A-3 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 医薬品等規制調和・評価研究事業 | PDXモデルを用いた非臨床試験の実施に係る標準化に関する研究 | JP21mk0101181 |
| 科学研究費助成事業 若手研究 | 遺伝子変異を有する非小細胞肺がんのPDXモデル樹立と新薬開発の基盤研究 | 18K15296 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 医療研究開発革新基盤創成事業（CiCLE） | 希少がんならびに難治性がんに対する抗がん剤治療開発を加速させる創薬研究手法に関する研究 | JP20pc0101051 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） ゲノム研究を創薬等出口に繋げる研究開発プログラム | AIを利用した新規抗がん薬の創薬研究加速システムの開発 | JP23tk0124004 |
| 日本医療研究開発機構（AMED）革新的がん医療実用化研究事業 | がんの本態解明から革新的な医療実用化に向けた一貫したマネジメントスキームの確立研究 | JP23ck0106771 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Comparative study on the efficacy and exposure of molecular target agents in non-small cell lung cancer PDX models with driver genetic alterations | doi: 10.1158/1535-7163.MCT-21-0371 | JGAD000530 |
| 2 | A molecular glue RBM39-degrader induces synthetic lethality in cancer cells with homologous recombination repair deficiency | doi: 10.1038/s41698-024-00610-0 | JGAD000840 |
| 3 | Comprehensive DNA Profiling Strategy for Patient-Derived Xenograft Model Authentication in the J-PDX Library | JGAD000995 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 中岡 博史 | 公益財団法人佐々木研究所 腫瘍ゲノム研究部 | 日本 | 肺がん遺伝子解析研究 | JGAD000530 | 2022/08/06-2023/03/31 |
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000530 | 2022/12/26-2025/03/31 |
