NBDC Research ID: hum0284.v1
研究内容の概要
目的： 乳がん臨床検体の1細胞解析を通して、前がん病変から発がん悪性化に至る遺伝子発現領域の変化を明らかにする
方法： 外科的切除された腫瘍組織から細胞を単離し、10xChromiumを用いてシングルセルライブラリを構築する。作製したライブラリに対して次世代シーケンサーを用いた1細胞遺伝子発現解析を行う。
対象： 乳がん症例より採取した原発腫瘍組織
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000309 | NGS（scRNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2023/01/19 |
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分子データ
| 対象 |
乳がん（ICD10：C50）：4症例 原発腫瘍組織：4検体 |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 外科的切除された腫瘍組織から単離した細胞より抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell 3' Reagent Kits v3.1 |
| 断片化の方法 | Chromium Next GEM Single Cell 3' Reagent Kits v3.1 |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | - |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000420 |
| 総データ量 | 134.5 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者：中山 淳
所 属 機 関：国立がん研究センター 研究所細胞情報学分野
プロジェクト/研究グループ名：病態情報学ユニット
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 特別研究員奨励費 | シングルセルアンプリコミクスによる癌進化系譜の解明 | 20J01794 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Intratumoral Heterogeneity and Molecular Features of Ductal Carcinoma In Situ | doi: 10.1158/0008-5472.CAN-22-0090 | JGAD000420 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
