NBDC Research ID: hum0280.v1
研究内容の概要
目的： 肺がんにおける患者毎の標的抗原とがん微小環境を明らかにし、それに基づいた最適な複合的免疫療法を開発すること。
方法： RNA-seq解析データから、Molecular Signatures Database（MSigDB）の遺伝子セットに基づきsingle sample Gene Set Enrichment analysis（ssGSEA）を行い、腫瘍（T-score: Glycolysis, Mitotic spindle）、宿主免疫応答（I-score: T cells, B cells, MHC-complex）、免疫応答抑制（S-score: angiogenesis, hypoxia, epithelial mesenchymal transition, cytokine production suppression）の3因子に分類し、スコアを算出した。
対象： 2019年8月から2020年6月の間に根治切除を行った原発性肺がん症例の内、新鮮腫瘍検体が採取できた113症例。
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| DRA012560 | NGS（RNA-seq） | 非制限公開 | 2022/01/07 |
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分子データ
| 対象 |
原発肺がん（ICD10：C34）：113症例 腫瘍組織：113検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon V6 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| DDBJ Sequence Read Archive ID | DRA012560 |
| 総データ量 | 2.5 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 松下 博和
所 属 機 関： 愛知県がんセンター 腫瘍免疫制御TR分野
プロジェクト/研究グループ名： 肺癌患者における標的抗原の同定とがん微小環境の解析
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 末梢血中循環腫瘍細胞を用いた非小細胞肺癌への化学療法による免疫原性細胞死の解析 | 20K09187 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 肺がん長期生存症例のネオアンチゲンに対する免疫応答の検討 | 19H03528 |
| 呼吸器財団 | 肺癌免疫療法における細胞傷害性CD4陽性T細胞に関する探索的研究：新たな免疫療法治療ターゲットの可能性 | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
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