NBDC Research ID: hum0254.v1
研究内容の概要
目的： 新たに開発したアダプター連結反応を用いてセルフリーDNA（cell-free DNA：cfDNA）からライブラリー調製を実施するための条件検討
方法： 新規技術で調製したcfDNAライブラリを用いて配列決定し、cfDNAの特性について解析を行う
対象： 健常人のヒト血漿由来cfDNA
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000257 | NGS（WGS） | 制限公開（Type I） | 2021/09/24 |
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分子データ
| 対象 |
健常人：5名8検体 （1名：前処理条件が異なる4検体、その他4名：1検体ずつ計4検体） |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [Miseq、HiSeq X Ten] |
| ライブラリソース | 末梢血血漿由来cfDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TACS-T4 |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 75-190 bp（平均119 bp） |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000360 |
| 総データ量 | 378.8 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 三浦 史仁
所 属 機 関： 九州大学 大学院医学研究院 医化学分野
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 創薬等ライフサイエンス研究支援基盤事業 創薬等先端技術支援基盤プラットフォーム（BINDS） | 先進メチローム解析の支援と高度化 | JP20am0101103 |
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究（研究領域提案型） | 次世代エピゲノム解析技術の開発とその応用 | 17H06305 |
| 公益財団法人臨床研究奨励基金（2020年） 研究助成金 | 血漿セルフリーＤＮＡの構造と修飾の網羅的解析 | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Short single-stranded DNAs with putative non-canonical structures comprise a new class of plasma cell-free DNA. | doi: 10.1186/s12915-021-01160-8 | JGAD000360 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
