NBDC Research ID: hum0251.v1
研究内容の概要
目的： B細胞性急性リンパ性白血病に対するゲノム解析による分子病態の解明
方法： RNA Sequencing、Target Capture Sequencing
対象： フィラデルフィア染色体陰性B細胞性急性リンパ性白血病（B-ALL）153症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000278 | NGS（RNA-seq、Target Capture） | 制限公開（Type I） | 2022/10/25 |
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分子データ
| 対象 | フィラデルフィア染色体陰性B-ALL（ICD10：C91.0）：122症例 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 白血病細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 熱処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 125 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000384 |
| 総データ量 | 681.6 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | フィラデルフィア染色体陰性B-ALL（ICD10：C91.0）：148症例 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | 110遺伝子 |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 白血病細胞から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect XT Low Input |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 125 bp |
| マッピング方法 | bwa |
| マッピングクオリティ | > 20 |
| マッピングの際のリファレンス配列 | hg19 |
| 平均カバー率（Depth） | 570 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000384 |
| 総データ量 | 681.6 GB（bam） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 八田 善弘
所 属 機 関： 日本大学 医学部 内科学系血液膠原病内科学分野
プロジェクト/研究グループ名： JALSG Ph(-)B-ALL213
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的がん医療実用化研究事業 | AYA世代急性リンパ性白血病の小児型治療法および遺伝子パネル診断による層別化治療に関する研究 | JP19ck0106331 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Two novel high-risk adult B-cell acute lymphoblastic leukemia subtypes with high expression of CDX2 and IDH1/2 mutations | doi: 10.1182/blood.2021011921 | JGAD000384 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
