NBDC Research ID: hum0251.v1

 

研究内容の概要

目的: B細胞性急性リンパ性白血病に対するゲノム解析による分子病態の解明

方法: RNA Sequencing、Target Capture Sequencing

対象: フィラデルフィア染色体陰性B細胞性急性リンパ性白血病(B-ALL)153症例

 

データID内容制限公開日
JGAS000278 NGS(RNA-seqTarget Capture 制限公開(Type I) 2022/10/25

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分子データ

RNA-seq

対象 フィラデルフィア染色体陰性B-ALL(ICD10:C91.0):122症例
規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 白血病細胞から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit
断片化の方法 熱処理
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 125 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000384
総データ量 681.6 GB(fastq)
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Target Capture

対象 フィラデルフィア染色体陰性B-ALL(ICD10:C91.0):148症例
規模 Target Capture
対象領域(Target Captureの場合) 110遺伝子
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 白血病細胞から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SureSelect XT Low Input
断片化の方法 超音波断片化(Covaris)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 125 bp
マッピング方法 bwa
マッピングクオリティ > 20
マッピングの際のリファレンス配列 hg19
平均カバー率(Depth) 570
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000384
総データ量 681.6 GB(bam)
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提供者情報

研究代表者: 八田 善弘

所 属 機 関: 日本大学 医学部 内科学系血液膠原病内科学分野

プロジェクト/研究グループ名: JALSG Ph(-)B-ALL213

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
日本医療研究開発機構(AMED) 革新的がん医療実用化研究事業 AYA世代急性リンパ性白血病の小児型治療法および遺伝子パネル診断による層別化治療に関する研究 JP19ck0106331

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Two novel high-risk adult B-cell acute lymphoblastic leukemia subtypes with high expression of CDX2 and IDH1/2 mutations doi: 10.1182/blood.2021011921 JGAD000384
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制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間