NBDC Research ID: hum0239.v1
研究内容の概要
目的： 膀胱がん患者におけるがん組織のゲノムプロファイルの解明
方法： multiplex PCRで増幅した対象領域を次世代シークエンス技術により解読し、がん組織で生じている体細胞変異を解明する
対象： 膀胱がん患者の腫瘍組織
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000241 | NGS（Target Capture） | 制限公開（Type I） | 2020/07/27 |
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分子データ
| 対象 | 膀胱がん（ICD10：C67）：19症例（腫瘍組織：19検体） |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） |
泌尿器に関連する71遺伝子のエクソン領域
|
| Platform | Thermo Fisher Scientific [Ion Proton] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | IonAmpliSeq Plus Kit |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 200 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000341 |
| 総データ量 | 74 GB（bam） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy および 民間企業における利用禁止 |
提供者情報
研究代表者： 弘津 陽介
所 属 機 関： 山梨県立中央病院 ゲノム解析センター
プロジェクト/研究グループ名： -
URL： https://www.ych.pref.yamanashi.jp/department02/3639/
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
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関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Genomic Profiling Identified ERCC2 E606Q Mutation in Helicase Domain Respond to Platinum-Based Neoadjuvant Therapy in Urothelial Bladder Cancer | doi: 10.3389/fonc.2020.01643 | JGAD000341 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
