NBDC Research ID: hum0217.v1

 

研究内容の概要

目的： 大腸鋸歯状病変（鋸歯状ポリープ）の発癌機序を明らかにすること

方法： 39遺伝子のTarget Capture Sequencing（NGS）

対象： 大腸鋸歯状病変（鋸歯状ポリープ）50症例（腫瘍組織）

 

データID内容制限公開日
JGAS000217 NGS（Target Capture） 制限公開（Type I） 2020/03/02

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分子データ

JGAS000217
対象 大腸鋸歯状病変（鋸歯状ポリープ）（ICD10：C18）：50症例
規模 Target Capture
対象領域（Target Captureの場合）

ACVR2A, AMER1, APC, ARID1A, ATM, AXIN2,

BMP4, BRAF, CDKN2A, CHD7, CHD8, CTNNB1,

DKK1, DKK2, DKK3, DKK4, FBXW7, FZD3,

FZD10, GNAS, GSK3B, HRAS, KRAS, LRP5,

MLH1, MSH6, NRAS, PIF1, PIK3CA, PTEN,

RBL1, RNF43, SMAD4, SOX9, TCF7L2, TELO2,

TGFBR2, TP53, XAF1
Platform Thermo Fisher Scientific [Ion Torrent]
ライブラリソース 大腸鋸歯状病変（鋸歯状ポリープ）から抽出したDNA
検体情報（購入の場合） -
ライブラリ作製方法（キット名） Ion AmpliSeq Library Kit Plus
断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） 約120 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000303
総データ量 29 GB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項） NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者： 澤田 武

所 属 機 関： 金沢大学がん進展制御研究所 腫瘍制御研究分野

プロジェクト/研究グループ名： -

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 基盤研究（C） 大腸鋸歯状腺腫を前癌病変とする新たな大腸発癌経路の同定と発癌メカニズムの解明 16K09304
科学研究費助成事業 新学術領域研究（研究領域提案型） 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム 16H06279 (PAGS)
武田科学振興財団 医学系研究奨励 大腸鋸歯状病変から高悪性度大腸癌に至る発癌経路の同定と内視鏡治療、化学療法への応用
内視鏡医学研究振興財団 大腸鋸歯状腺腫の発癌メカニズムの解明と内視鏡治療への応用
金沢大学がん進展制御研究所共同研究（平成29年度、30年度） 大腸鋸歯状腺腫を前癌病変とする大腸発癌機構の分子学的解明

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Significance of gene mutations in the Wnt signaling pathway in traditional serrated adenomas of the colon and rectum doi: 10.1371/journal.pone.0229262 JGAD000303
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制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間