研究内容の概要

目的： 抗腫瘍免疫応答の解明のため、体細胞遺伝子における変異負荷の調査

方法： whole exome sequecing解析

対象：

2015-2016年に肺腺がん摘出手術を実施した17症例（腫瘍組織＋ペア非腫瘍組織）

2017-2019年においてPD-1阻害治療を実施した進行悪性腫瘍患者40症例（腫瘍組織＋ペア非腫瘍組織）

データID	内容	制限	公開日
JGAS000216	NGS（Exome）	制限公開（Type I）	2020/02/07
JGAS000244	NGS（Exome）	制限公開（Type I）	2020/09/25

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分子データ


対象	肺腺がん（ICD10：C349）：17症例（腫瘍組織、非腫瘍組織のペア）
規模	Exome
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース	肺腺がんの腫瘍組織と非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	SureSelect XT Human All Exon system
断片化の方法	超音波断片化（Covaris）
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	100 bp x 2
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID	JGAD000302
総データ量	230 GB （fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy


対象	胃がん（ICD10：C16）：26症例肺がん（ICD10：C34）：9症例悪性黒色腫（ICD10：C43）：5症例（腫瘍組織、非腫瘍組織のペア）
規模	Exome
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース	胃がん、肺がんおよび悪性黒色腫の腫瘍組織と非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit
断片化の方法	超音波断片化（Covaris）
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	120-150 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID	JGAD000344
総データ量	782 GB （fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

研究代表者： 西川博嘉

所属機関： 国立がん研究センター先端医療開発センター免疫TR分野

プロジェクト/研究グループ名： -

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
国立がん研究センター研究開発費	先端的がん免疫モニタリング法開発体制に関する研究	28-A-7
国立がん研究センター研究開発費	がん免疫療法抵抗性を解除する新規治療法の臨床展開に向けた開発研究	31-A-7
日本医療研究開発機構（AMED）次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE）	がん細胞および免疫応答解析に基づくがん免疫療法効果予測診断法の確立	JP16cm0106301

	タイトル	DOI	データID
1	Blockade of EGFR improves responsiveness to PD1 blockade in EGFR-mutated non-small cell lung cancer	doi: 10.1126/sciimmunol.aav3937	JGAD000302
2	The PD-1 expression balance between effector and regulatory T cells predicts the clinical efficacy of PD-1 blockade therapies	doi: 10.1038/s41590-020-0769-3	JGAD000344

研究代表者	所属機関	利用データID	利用期間