NBDC Research ID: hum00208.v1
研究内容の概要
目的： 頭頸部悪性腫瘍症例の腫瘍組織および末梢血由来単核球を対象とした網羅的な遺伝子解析により、再発・転移予測マーカーの同定、新規分子標的治療法の確立を目指す。
方法： 切除標本から診断に影響のない範囲で腫瘍組織を採取し、抽出したDNAを用いた全エクソームシーケンスを行った。正常組織として、末梢血単核球をコントロールとしている。
対象： 両側外耳道がんおよび片側外耳道がん症例
URL： http://www.qent.med.kyushu-u.ac.jp/group/research.html
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000214 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2020/01/20 |
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分子データ
| 対象 |
・両側外耳道がん（ICD10：C442）：1症例 （左右外耳道原発巣＋再発巣：3検体） ・片側外耳道がん（ICD10：C442）：9症例 （外耳道原発巣：9検体） ・各症例の末梢血単核球（PBMC）：10検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq X Ten] |
| ライブラリソース | 外耳道がんの腫瘍組織と末梢血単核球から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon V6 Kit |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000300 |
| 総データ量 | 128 GB （bam [ref：hg19]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 中川 尚志
所 属 機 関： 九州大学病院 耳鼻咽喉科・頭頸部外科
プロジェクト/研究グループ名： 頭頸部腫瘍に対する網羅的ゲノム解析およびそのデータベースの構築
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 側頭骨扁平上皮癌の網羅的組織解析に基づく新規統合的治療戦略の開発 | 18H02951 |
| 科学研究費助成事業 若手研究 | 側頭骨癌におけるインフラマゾーム関連分子の網羅的解析による炎症性発癌機構の解明 | 18K16895 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Squamous cell carcinoma of the external auditory canal and middle ear: an operation combined with preoperative chemoradiotherapy and a free surgical margin. | doi: 10.1097/01.mao.0000190463.88873.3d | |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
