研究内容の概要

目的： 脱分化型脂肪肉腫のゲノム異常の解析

方法： Exome sequencing, RNA sequencing

対象： 脱分化型脂肪肉腫37症例の腫瘍組織および非腫瘍組織

データID	内容	制限	公開日
JGAS000182	NGS（Exome、RNA-seq）	制限公開（Type I）	2019/09/20

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分子データ


対象	脱分化型脂肪肉腫（ICD10：C480, C490, C492, C493）：37症例
規模	Exome
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース	腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	Agilent SureSelect XT Human All Exon V5
断片化の方法	超音波断片化（Covaris）
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	75 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID	JGAD000264
総データ量	880 GB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy


対象	脱分化型脂肪肉腫（ICD10：C480, C490, C492, C493）：37症例
規模	RNA-seq
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース	腫瘍組織から抽出したRNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	Ribo-Zero Gold kit
断片化の方法	熱処理
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	75 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID	JGAD000264
総データ量	880 GB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

研究代表者： 市川仁

所属機関： 国立がん研究センター研究所臨床ゲノム解析部門

プロジェクト/研究グループ名： -

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
日本医療研究開発機構（AMED）革新的がん医療実用化研究事業	臨床検体を用いた多層的オミクス解析による分子標的薬の肉腫への適応拡大のための基盤的研究	16ck0106089h0003
国立がん研究センター研究開発費	ナショナルセンターバイオバンクネットワークプロジェクト等連携に参画する国立がん研究センター等バイオバンクの整備と運用	26-A-1
国立がん研究センター研究開発費	拡張型コアファシリティ機能による、TR／リバースTRの総合支援を含む研究・開発支援	26-A-3

	タイトル	DOI	データID
1	Frequent amplification of receptor tyrosine kinase genes in well-differentiated/ dedifferentiated liposarcoma	doi: 10.18632/oncotarget.14652	JGAD000264
2

研究代表者	所属機関	研究題目	利用データID	利用期間
Valerie Brunton	Edinburgh Cancer Research UK Centrer	Genomic analysis of soft tissue sarcoma	JGAD000264	2021/07/09-2024/02/29