NBDC Research ID: hum0141.v1

研究内容の概要

目的： 頭頸部がんにおける免疫制御の解明

方法： RNA-seq

対象： 頭頸部がん

URL： http://www.med.nagoya-cu.ac.jp/immunol.dir/index.html

データID	内容	制限	公開日
JGAS000135	NGS（RNA-seq）	制限公開（Type I）	2019/05/09

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分子データ


対象	頭頸部がん：4症例（15検体）　HNC1：声門上がん（ICD10：C32.1）　HNC10：舌根部がん（ICD10：C01）　HNC14：梨状陥凹がん（ICD10：C12）　HNC18：下咽頭後部がん（ICD10：C13.2）
規模	RNA-seq
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Thermo Fisher Scientific [Ion S5]
ライブラリソース	頭頚部がん（腫瘍組織）に浸潤したCD4+ T細胞の以下の分画から抽出したRNA 　　・Double Positive（DP）：CD25+ CTLA4+ Treg細胞　　・CD25：CD25+ T細胞　　・CTLA4：CTLA4+ T細胞　　・Double Negative（DN）：CD25- CTLA4- T細胞
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	KAPA Library Preparation Kit
断片化の方法	KAPA Frag
ライブラリ構築方法	Single-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	平均 150 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID	JGAD000204
総データ量	70 GB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

研究代表者： 坂口志文

所属機関： 大阪大学免疫学フロンティア研究センター実験免疫学

プロジェクト/研究グループ名： 名古屋市立大学大学院医学研究科免疫学教室

URL： http://www.med.nagoya-cu.ac.jp/immunol.dir/index.html

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究	加齢で増加する制御性T細胞による免疫抑制機構の解明	26670192
科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究	皮膚希少癌における制御性T細胞の解析と新規免疫療法の有効性の研究	16K15259
科学研究費助成事業基盤研究（B）	日本発の安全で有効な免疫抑制法―発癌や重篤感染を誘因しない制御性T細胞療法の研究	16H05177
科学研究費助成事業基盤研究（C）	口腔癌特異的C5a受容体阻害剤の開発と癌増殖メカニズムの解明（今井優樹）	17K11679
科学研究費助成事業若手研究（B）	制御性T細胞に着目した頭頸部癌における抗腫瘍免疫の解析と免疫治療への応用（的場拓磨）	17K16937
科学研究費助成事業新学術領域研究（研究領域提案型）	紫外線で誘導されるネオ・セルフと制御性T細胞による自己免疫治療法の開発	17H05798

	タイトル	DOI	データID
1	Regulatory T cells expressing abundant CTLA-4 on the cell surface with a proliferative gene profile are key features of human head and neck cancer.	doi: 10.1002/ijc.32024	JGAD000204
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研究代表者	所属機関	国・州名	研究題目	利用データID	利用期間
Robert Tsai	Institute of Biosciences & Technology, Texas A&M Health Science Center		Genome-wide Discovery of new Plasma DNA Mehylation Makers for Tracking the Progression of NAFLD to NASH and HCC	JGAD000204	2020/11/06-2022/08/31
浜田道昭	早稲田大学理工学術院	日本	RNA標的創薬データベースの構築	JGAD000204	2022/12/26-2025/03/31