NBDC Research ID: hum0120.v1
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研究内容の概要
目的： 大腸がんの転移再発を正確に予測するバイオマーカーの同定
方法： 原発巣・転移巣の切除切片（腫瘍組織および正常粘膜）から抽出したDNA/RNAを用いた全エクソームシーケンスおよびRNA-seq
対象： 原発巣切除後に肺・肝転移をきたしたstage 1、2の大腸がん10症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000221 | NGS（Exome、RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2020/04/03 |
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分子データ
| 対象 |
大腸がん（ICD10：C189）：10症例36検体 ・腫瘍組織（大腸：10検体、肝臓：9検体、肺：5検体]、 ・非腫瘍組織（大腸：8検体、肺：4検体） |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 大腸がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human ALL Exon V5 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000311 |
| 総データ量 | 414 GB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
大腸がん（ICD10：C189）：10症例20検体 ・原発巣：8検体、転移巣：12検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 大腸がんの腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Agilent SureSelect Strand Specific RNA Kit |
| 断片化の方法 | 熱処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000312 |
| 総データ量 | 414 GB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 三森 功士
所 属 機 関： 九州大学病院 別府病院 外科
プロジェクト/研究グループ名： -
URL： https://www.beppu.kyushu-u.ac.jp/gekareview/
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | 微小環境多様性に連動する難治がんの分子遺伝学的多様性創成機構の解明と新たながん治療法・予測医療技術の開発 | JP19cm0106504 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
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