NBDC Research ID: hum0120.v4
研究内容の概要
目的： 大腸がん、胃がん、乳がんの転移再発を正確に予測するバイオマーカーの同定
方法： 原発巣・転移巣の切除切片（腫瘍組織および正常粘膜）から抽出したDNA/RNAを用いた全エクソームシーケンス、RNA-seq、およびT細胞のレパトア解析、ならびにメチレーションアレイおよびWhole genome bisulfite sequencing解析。治療前後で経時的に血漿サンプルを採取し、抽出した血中循環腫瘍DNAを用いたTarget Capture Sequencing解析。
対象： 原発巣切除後に肺・肝転移をきたしたstage 1、2の大腸がん、胃がん、乳がん
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000221 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2020/04/03 |
| DRA011183 | NGS（Exome） | 非制限公開 | 2020/04/03 |
| DRA011184 | NGS（RNA-seq） | 非制限公開 | 2020/04/03 |
| DRA011185 | NGS（Target Capture） | 非制限公開 | 2020/10/30 |
| E-GEAD-396 | メチル化アレイ | 非制限公開 | 2021/12/06 |
| DRA010902 | NGS（WGBS） | 非制限公開 | 2021/12/06 |
| JGAS000549 | NGS（Target Capture） | 制限公開（Type I） | 2022/07/29 |
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分子データ
| 対象 |
大腸がん（ICD10：C189）：10症例36検体 ・腫瘍組織（大腸：10検体、肝臓：9検体、肺：5検体） ・非腫瘍組織（大腸：8検体、肺：4検体） |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 大腸がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human ALL Exon V5 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID / DDBJ Sequence Read Archive ID |
非腫瘍組織：JGAD000311 腫瘍組織：DRA011183 |
| 総データ量 | 414 GB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
大腸がん（ICD10：C189）：10症例20検体 ・原発巣：8検体、転移巣：12検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 大腸がんの腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Agilent SureSelect Strand Specific RNA Kit |
| 断片化の方法 | 熱処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| DDBJ Sequence Read Archive ID | DRA011184 |
| 総データ量 | 414 GB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
大腸がん（ICD10：C189）：10症例20検体 ・原発巣：8検体、転移巣：12検体 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | T細胞受容体βサブユニット領域 |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 大腸がんの腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | KAPA HiFi HotStart Ready Mix PCR Kit |
| 断片化の方法 | 熱処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| DDBJ Sequence Read Archive ID | DRA011185 |
| 総データ量 | 16 GB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
大腸がん（ICD10：C189）：10症例 ・経時的に採取した血漿サンプル：77 検体 （根治術前1回、ならびに、後2～12回） |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | exome sequence解析により同定した原発巣および転移巣に共通する遺伝子変異部位452ヶ所を含む領域（対象遺伝子一覧） |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 経時的に取得した血漿から抽出した血中循環腫瘍より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelectXT Custom 1kb-499kb （Agilent Technologies） |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 （Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 200 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000667 |
| 総データ量 | 410.4 GB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
大腸がん（ICD10：C189）：16症例 胃がん（ICD10：C169）：16症例 乳がん（ICD10：C509）：16症例 ・原発巣：16検体ずつ |
| 規模 | メチル化アレイ |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [iScan] |
| ソース | 大腸がん、胃がん、乳がんの原発巣の腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（キット名、バージョン） | Infinium MethylationEPIC Kit, v1.0 |
| メチル化率決定アルゴリズム（ソフトウェア） | GenomeStudio Methylation Module v1.8 |
| プローブ数 | 866,836 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-396 |
| 総データ量 | 1.3 GB （idat） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
大腸がん（ICD10：C189）：9症例18検体 ・原発巣：9検体、転移巣：9検体 |
| 規模 | WGBS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq X Ten] |
| ライブラリソース | 大腸がんの腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Miura F, et al.. Nucleic Acids Research (2019), 47, e85. |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| DDBJ Sequence Read Archive ID | DRA010902 |
| 総データ量 | 1101 GB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 三森 功士
所 属 機 関： 九州大学病院 別府病院 外科
プロジェクト/研究グループ名： -
URL： https://www.beppu.kyushu-u.ac.jp/gekareview/
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | 微小環境多様性に連動する難治がんの分子遺伝学的多様性創成機構の解明と新たながん治療法・予測医療技術の開発 | JP19cm0106504 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Pan-cancer methylome analysis for cancer diagnosis and classification of cancer cell of origin. | doi: 10.1038/s41417-021-00401-w |
E-GEAD-396 DRA010902 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|
| 白石 航也 | 国立研究開発法人国立がん研究センター研究所 ゲノム生物学研究分野 | ゲノム解析に基づく宿主並びに腫瘍における免疫応答ネットワーク機構の解明 | JGAD000311 | 2020/09/18-2023/03/31 |
