NBDC Research ID: hum0118.v1
研究内容の概要
目的： 子宮体がんのリンパ節転移有無を鑑別するバイオマーカー探索
方法： CAGE（Cap Analysis of Gene Expression）、サンガー法
対象： 子宮体がん17症例の摘出組織（腫瘍組織）から抽出したRNA
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000124 | 制限公開（Type I） | 2017/12/11 |
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分子データ
| 対象 | 子宮体がん（ICD10：C54.1）の摘出組織（腫瘍組織）：15検体 |
| 規模 | CAGE-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 子宮体がん摘出組織の腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | CAGE assay （※論文Method参照） |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 47 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000135 |
| 総データ量 | 5 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
1) Detecting expressed genes using CAGE. Methods Mol Biol. 2014; 1164:67–85. (doi: 10.1007/978-1-4939-0805-9_7)
| 対象 | 子宮体がん（ICD10：C54.1）の摘出組織（腫瘍組織）：3検体（1検体はCAGE-seqと重複） |
| 規模 | サンガー法 |
| 対象領域（Target Captureの場合） | TACC2（chr10:123,748,689-124,014,057 [ref: hg19]） |
| Platform | Thermo Fisher Scientific (ABI) 3500 Genetic Analyzer |
| ライブラリソース | 子宮体がん摘出組織の腫瘍組織から抽出したRNAを逆転写したcDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing kit |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000135 |
| 総データ量 | 5 GB（fasta） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 林崎 良英
所 属 機 関： 理化学研究所 予防医療・診断技術開発プログラム
プロジェクト/研究グループ名： CAGE法による子宮体がんにおける新規バイオマーカーの網羅的解析（順天堂大学 寺尾泰久）
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | CAGE法を用いた子宮体癌におけるリンパ節転移予測マーカーの同定 | 15K10732 |
| 理化学研究所 オミックス基盤研究領域 運営費交付金 | ||
| 理化学研究所 予防医療・診断技術開発プログラム 運営費交付金 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Promoter-level transcriptome in primary lesions of endometrial cancer identified biomarkers associated with lymph node metastasis. | doi: 10.1038/s41598-017-14418-5 | JGAD000135 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|
