NBDC Research ID: hum0079.v1
研究内容の概要
目的： 封入体筋炎筋発現プロファイルにより炎症と変性の病態を解明すること
方法： 封入体筋炎症例、多発筋炎症例、筋疾患の無い対照者の筋組織を用いたRNA-sequencing
対象： 封入体筋炎症例、多発筋炎症例、筋疾患の無い対照者
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000068 | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2022/02/18 |
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分子データ
| 対象 |
封入体筋炎（ICD10：G724）：53症例 多発筋炎（ICD10：M332）：6症例 対照者：9名 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 筋組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Stranded Total RNA with ribo-zero gold |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 101 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000068 |
| 総データ量 | 721.5 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
※当該データは、文部科学省科学研究費新学術領域研究（研究領域提案型）『生命科学系３分野支援活動』に採択された「ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援」（「ゲノム支援」）による支援を受けました。
提供者情報
研究代表者： 後藤 順
所 属 機 関： 東京大学大学院 医学系研究科 神経内科学
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 次世代シーケンサーを用いた封入体筋炎筋発現プロファイルによる炎症と変性の病態解明 | 26461265 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Muscle transcriptomics shows overexpression of cadherin 1 in inclusion body myositis | doi: 10.1002/ana.26304 | JGAD000068 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| Pietro Fratta | University College London | イギリス | TDP-43 pathology and loss of function in the skeletal muscle | JGAD000068 | 2022/06/07-2025/02/28 |
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000068 | 2022/12/26-2025/03/31 |
