NBDC Research ID: hum0068.v1
最新版はこちらです
研究内容の概要
目的： ナノポアシークエンサーMinIONを用いた肺腺がんの変異検出手法の確立
方法： ナノポアシークエンサーMinIONによるアンプリコンシークエンス
対象： 肺腺がん8症例
URL： http://kero.hgc.jp/
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000065 | NGS（PCR amplicon Seq） | 制限公開（Type I） | 2017/07/10 |
※リリース情報はこちら
※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら。
分子データ
| 対象 | 肺腺がん：8症例（7検体） |
| 規模 | PCR amplicon Seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） |
EGFR・KRAS領域、および、EML4-ALK・KIF5B-RET領域 検体１：EML4-ALK保有1症例（EML4-ALK領域）と KIF5B-RET保有１症例（KIF5B-RET領域）の増幅産物の混合検体（１検体） 検体２～７：EGFRとKRAS領域の増幅産物（６検体） |
| Platform | Nanopore［MinION］ |
| ライブラリソース | 肺腺がん組織より抽出したRNAを逆転写したcDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Nanopore Sequencing Kit (Oxford Nanopore Technologies社) |
| 断片化の方法 | PCR |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 367 Mb |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000065 |
| 総データ量 | 889 MB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 河野 隆志
所 属 機 関： 国立がん研究センター ゲノム生物学研究分野
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究 | 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム | 16H06279 |
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究 | がんシステムの新次元俯瞰と攻略; ナノポアシークエンサーによるがん細胞の変異検出およびフェーズ情報解析手法の確立 | 16H01582 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Sequencing and phasing cancer mutations in lung cancers using a long-read portable sequencer. | doi: 10.1093/dnares/dsx027 | JGAD000065 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|
