hum0043 データ概要
# データディクショナリーおよびQC手順書
| No. | データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | File_list_J-ADNI.pdf | ダウンロード可能ファイル一覧 | 非制限公開 | 2016/1/29 |
| 2 | Data_dictionary_J-ADNI.tsv | データディクショナリー（表形式データ各項目の説明） | 非制限公開 | 2016/1/29 |
| 3 | J-ADNI_MRIQC_Ver1.1.pdf | MRIコア データQC手順 | 非制限公開 | 2016/1/29 |
| 4 | J-ADNI_PETQC_Ver1.1.pdf | J-ADNI PET QC手法 | 非制限公開 | 2016/1/29 |
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一部の研究参加者には特記事項が付与されていますので、内容をご確認の上ご利用ください。該当者の表形式データのレコードの"s.m."列に印が付与されています。
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論文等でデータベースからダウンロードしたデータを含む結果を公表する際には、NBDCヒトデータベースに登録されたデータを利用した旨について謝辞（Acknowledgement）に記載して下さい。記載例はこちら。
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J-ADNIデータを利用・引用した論文を執筆する際の記載要領はこちらをご参照ください。
#１． 臨床・心理検索
| 検査名 | 検査概要 | ファイル名 | ファイル形式（拡張子） | ZIPファイル名 |
|---|---|---|---|---|
| ADAS*1 | アルツハイマー病評定尺度(Alzheimer's Disease Assessment Scale-cognitive subscale) | ADAS_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| ADASSCORES | アルツハイマー病評定尺度スコア | ADASSCORES_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| ADSXLIST | 徴候チェック | ADSXLIST_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| ARM | スクリーニング検査の結果に基づいた被験者情報 | ARM_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| BLCHANGE | 診断サマリーベースラインからの変化 | BLCHANGE_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| BLSCHECK | ベースライン徴候チェック | BLSCHECK_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| CDR*2 | 臨床認知症評価法（Clinical Dementia Rating） | CDR_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| CONVERSIONS | コンバージョン | CONVERSIONS_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| EXCLUSIO | 除外基準 | EXCLUSIO_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| FAQ*3 | 機能評価質問紙法(Functional Activity Questionnaire) | FAQ_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| FHQ | 家族歴 | FHQ_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| GDSCALE*4 | 老年期うつ尺度（Geriatric Depression Scale） | GDSCALE_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| INCLUSIO | 選択基準 | INCLUSIO_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| MEDHIST | 病歴 | MEDHIST_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| MMSE*5 | 簡易知的機能検査（Mini Mental State Exam） | MMSE_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| MODHACH*6 | ハチンスキースコア | MODHACH_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| NEUROBAT | 論理記憶IA 直後再生、論理記憶IIA 遅延再生、WAIS-III、時計描画/時計模写、言語流暢性課題、Trail Making Test A&B、ボストン呼称テスト | NEUROBAT_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| NEUROEXM | 神経学的所見 | NEUROEXM_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| NPIQ*7 | 神経精神インベントリー質問紙(Neuropsychiatric Inventory Q) | NPIQ_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| PDXCONV | 診断サマリー | PDXCONV_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| PHYSICAL | 身体的所見 | PHYSICAL-J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| PTDEMOG | 被験者背景情報 | PTDEMOG_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| RECFHQ | 家族歴（きょうだい） | RECFHQ_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| REGISTRY | 登録 | REGISTRY_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| TREATDIS | 脱落・中止申請 | TREATDIS_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
| VITALS | バイタルサイン | VITALS_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_cognitive.zip |
※1：Rosen WG, Mohs RC, Davis KL. A new rating scale for Alzheimer's disease. The American Journal of Psychiatry. 1984;141(11):1356–1364. PMID 6496779
※2：Hughes CP, Berg L, Danziger WL, Coben LA, Martin RL. A new clinical scale for the staging of dementia. Br J Psychiatry. 1982 Jun;140:566-72. PMID 7104545
※3：Pfeffer RI, Kurosaki TT, Harrah CH, Chance JM, Filos S. Measurement of functional activities in older adults in the community. J Gerontol. 1982;37:323–329. PMID 7069156
※4：Yesavage JA, Brink TL, Rose TL, et al. Development and validation of a geriatric depression screening scale: a preliminary report. J Psychiatr Res. 1982-83;17(1):37-49. PMID 7183759
※5：Folstein, MF; Folstein, SE; McHugh, PR (1975). ""Mini-mental state". A practical method for grading the cognitive state of patients for the clinician". Journal of Psychiatric Research 12 (3): 189–98. PMID 1202204
※6：Hachinski VC. Multi-infarct dementia: a cause of mental deterioration in the elderly. Lancet. 1974;2:207–9. PMID 4135618
※7：Cummings, J., Mega, M., Gray, K., Rosenberg-Thompson, S., Carusi, D. A., & Gornbein, J. (1994). The Neuropsychiatric Inventory: Comprehensive assessment of psychopathology in dementia. Neurology, 44, 2308-2314. PMID 7991117
#2．特記事項
| 特記内容 | ファイル名 | ファイル形式（拡張子） |
|---|---|---|
| Multidomain Amnestic MCI | SpecialMention.xlsx | Microsoft Excel（.xlsx） |
| スクリーニング時の例外申請による組み入れ例 | SpecialMention.xlsx | Microsoft Excel（.xlsx） |
| 遅延再生施行遅延例 | SpecialMention.xlsx | Microsoft Excel（.xlsx） |
| 併用禁止薬に関する例外申請一覧 | SpecialMention.xlsx | Microsoft Excel（.xlsx） |
| 複数回コンバートした症例一覧 | SpecialMention.xlsx | Microsoft Excel（.xlsx） |
| 同意に関する追加コメント | SpecialMention.xlsx | Microsoft Excel（.xlsx） |
#3．化学検査
| 検査名 | 検査概要 | ファイル名 | ファイル形式（拡張子） | ZIPファイル名 |
|---|---|---|---|---|
| APOE | ApoE遺伝子型 | APOE_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_biochemical.zip |
| BLOOD | 末梢血液一般検査 | BLOOD_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_biochemical.zip |
| BLOOD_EXAMITEM | 末梢血液検査項目の説明ならびに正常値 | BLOOD_EXAMITEM_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_biochemical.zip |
| CSF | 脳脊髄液 | CSF_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_biochemical.zip |
#4．MRI検査 (1.5T, 3T)
#4.1 QC結果
| 検査名 | 検査概要 | ファイル名 | ファイル形式（拡張子） | ZIPファイル名 |
|---|---|---|---|---|
| MRIQC | MRI検査のQC結果 | MRIQC_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_mriqc.zip |
※ MRIデータQC手順はJ-ADNI_MRIQC_Ver1.1.pdfと使用したMRIスキャナー一覧を参照してください。
4.2 画像ファイル
FreeSurfer バージョン5.1で解析されています。
| ディレクトリ名 | 検査概要 | ファイル名 | ファイル形式（拡張子） | ZIPファイル名 |
|---|---|---|---|---|
| Original | MRI画像（MRIスキャナ出力結果） | File_list_J-ADNI.pdfを参照 | Neuroimaging Informatics Technology Initiative (NIfTI) image file format (.nii) | JADNI####_mri.zip |
| DistortionCorrection | MRI画像（J-ADNIプロジェクトで開発した手法で歪み補正済） | File_list_J-ADNI.pdfを参照 | Neuroimaging Informatics Technology Initiative (NIfTI) image file format (.nii) | JADNI####_mri.zip |
4.3 FreeSurfer解析結果
| 解析内容 | ファイル名 | ファイル形式（拡張子） | ZIPファイル名 |
|---|---|---|---|
| 皮質下領域分割結果（特定構造の体積を含む） | aseg.stats | Tab Separated Variables | JADNI_freesurfer.zip |
| Destrieuxアトラスに基づく皮質領域分割結果（特定構造の皮質の厚さを含む） | lh.aparc.a2009s.stats（左半球） rh.aparc.a2009s.stats（右半球） | Tab Separated Variables | JADNI_freesurfer.zip |
| Desikan-Killianyアトラスに基づく皮質領域分割結果（特定構造の皮質の厚さを含む） | lh.aparc.stats（左半球） rh.aparc.stats（右半球） | Tab Separated Variables | JADNI_freesurfer.zip |
| ブロードマン脳地図に基づく皮質領域分割結果（特定構造の皮質の厚さを含む） | llh.BA.stats（左半球） rh.BA.stats（右半球） | Tab Separated Variables | JADNI_freesurfer.zip |
| 皮質領域分割結果（皮質厚測定のためのcurvature情報を含む） | lh.curv.stats（左半球） rh.curv.stats（右半球） | Tab Separated Variables | JADNI_freesurfer.zip |
| 皮質領域分割結果（嗅内皮質の厚さを含む） | lh.entorhinal_exvivo.stats（左半球） rh.entorhinal_exvivo.stats（右半球） | Tab Separated Variables | JADNI_freesurfer.zip |
| 皮質下領域分割結果（領域分割された白質の体積を含む） | wmparc.stats | Tab Separated Variables | JADNI_freesurfer.zip |
※1：Fischl B. FreeSurfer. NeuroImage. 2012;62(2):774-781. PMID 22248573 .
※2：FreeSurfer Homepage: http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/
#5．PET検査 (FDG, Amyloid (PIB, BF227))
FDG PET画像は、ADNIプロトコルの3. CO-REG, AVG, STANDARDIZED IMAGE AND VOXEL SIZEで前処理されています。
詳細はhttps://adni.loni.usc.edu/data-samples/adni-data/neuroimaging/pet/をご覧ください。
5.1 QC結果
| 検査名 | 検査概要 | ファイル名 | ファイル形式（拡張子） | ZIPファイル名 |
|---|---|---|---|---|
| PETQC | PET検査のQC結果 | PETQC_J-ADNI.tsv | Tab Separated Variables (.tsv) | JADNI_petqc.zip |
※ PETデータQC手順はJ-ADNI_PETQC_Ver1.1.pdfと使用したPETスキャナー一覧を参照してください。
5.2 画像ファイル
| 検査概要 | ファイル名 | ファイル形式（拡張子） | ZIPファイル名 |
|---|---|---|---|
| PET画像（補正処理後） | File_list_J-ADNI.pdfを参照 | Analyze image file format(.hdr/.img) | JADNI####_pet.zip |
#使用したMRIスキャナー一覧
| MRI SCANNER_VENDOR | MRI SCANNER_MODEL |
|---|---|
| GE | SIGNA EXCITE |
| GE | Discovery MR750 |
| GE | GENESIS_SIGNA |
| GE | SIGNA HDxt |
| Hitachi | ECHELON |
| Philips | Achieva |
| Philips | Ingenia |
| Philips | Intera |
| Siemens | Avanto |
| Siemens | MAGNETOM VISION |
| Siemens | Sonata |
| Siemens | Symphony |
| Siemens | TrioTim |
| Toshiba | EXCELART Vantage powered by Atlas |
| Toshiba | EXCELART Vantage ZGV |
#使用したPETスキャナー一覧
| PET SCANNER_VENDOR | PETSCANNER_MODEL |
|---|---|
| GE | Advance |
| GE | Discovery ST Elite |
| GE | Discovery ST Elite Performance |
| Philips | GEMINI GXL |
| Shimadzu | Eminence G/X |
| Shimadzu | Eminence SOPHIA B/L |
| Shimadzu | Eminence SOPHIA G/M |
| Shimadzu | Eminence SOPHIA G/X |
| Shimadzu | HEADTOME V |
| Siemens | Biograph 16 |
| Siemens | Biograph 6 |
| Siemens | Biograph TrueV |
| Siemens | ECAT ACCEL |
| Siemens | ECAT EXACT HR+ |
| Siemens | ECAT EXACT HR47 |
| Toshiba | Aquiduo |