研究内容の概要

目的： 卵巣明細胞腺がんと他の卵巣がん組織型におけるゲノムコピー数の違いを比較することで、卵巣明細胞腺がんの分子生物学的特徴を明らかにする。

方法： ゲノムワイドSNPタイピングアレイを使用し約26万個のSNPプローブの蛍光強度を測定し、がんと正常を比較することでコピー数異常を検出する。

対象： 卵巣がん57症例（腫瘍組織・末梢血、計114検体）

データID	内容	制限	公開日
JGAS000022	がんゲノムコピー数解析	制限公開（Type I）	2015/04/21

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分子データ


対象	卵巣がん：57症例（卵巣明細胞腺がん：31症例、漿液性腺がん：14症例、類内膜腺がん：12症例）
規模	genome wide CNVs
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Affymetrix [GeneChip Human Mapping 250K Nsp Array]
ソース	卵巣がん切片から腫瘍組織および非腫瘍組織を取り分け、DNAを抽出
検体情報（購入の場合）	-
調整試薬（キット名、バージョン）	GeneChip Human Mapping 250K Nsp Array
コピー数決定アルゴリズム（ソフトウェア）	genome imbalance map（GIM）algorithm（doi:10.1016/j.bbrc.2005.06.040）
フィルタリング	-
コピー数変異数(QC後)	262,264 CNVs
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID	JGAD000022
総データ量	17.5 GB
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

研究代表者： 織田克利

所属機関： 東京大学医学部産科婦人科学教室

プロジェクト/研究グループ名： -

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
科学研究費助成事業　基盤研究（S）	統合的ゲノム解析によるがん細胞集団進化の解明	24221011
科学研究費助成事業　基盤研究（C）	子宮体癌・卵巣癌においてアポトーシスを誘導する新規分子標的治療法の探	26462515
科学研究費助成事業　若手研究（B）	卵巣明細胞腺癌における遺伝子プロファイルに基づく新規分子標的治療法の探索	25861473
日本医療研究開発機構（AMED）次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム（P-DIRECT）	「分子プロファイリングによる新規標的同定を通じた難治がん治療法開発」（進行性卵巣がんの治療感受性を規定する遺伝子変異の同定）	11114014

	タイトル	DOI	データID
1	Integrated Copy Number and Expression Analysis Identifies Profiles of Whole-Arm Chromosomal Alterations and Subgroups with Favorable Outcome in Ovarian Clear Cell Carcinomas	doi: 10.1371/journal.pone.0128066	JGAD000022
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研究代表者	所属機関	研究題目	利用データID	利用期間
小西郁生	京都大学大学院医学研究科		JGAD000022	2015/07/13-2017/03/31
万代昌紀	京都大学医学部医学研究科婦人科学産科学教室	多様な臨床情報を考慮した婦人科悪性腫瘍患者の尾ミックス解析（全ゲノム・全トランスクリプト-ム・プロテオーム・メタボローム解析）による個別化治療の探索	JGAD000022	2018/10/04-2025/03/31