データセット ID
NHA000204
- データの種類
- Y染色体欠失のGWAS統計量
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 192 MB
- ファイル形式
- TXT
- DOCX
- 研究
- hum0197
- 公開日
- 2025-12-02
- 更新日
- 2025-12-02
- Secondary ID
- hum0197.v27.LOY-meta.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| Dictionary_ | Dictionary file | 18.5 KB | |
| LOY_ | 192 MB |
解析手法
genome wide SNPs
- 材料と対象者
- 日本人男性：161,026名
バイオバンク・ジャパン（BBJ）：120,522名
Japan COVID-19 Task Force（JCTF）：3,161名
東北メディカル・メガバンク（TMM）：26,544名
ワクチン接種者コホート（COVC）*1：888名
愛知県がんセンター病院疫学研究（HERPACC）：6,636名
次世代多目的コホート（JPHC）：3,275名 - 対象者数161,026 (人数)
- コホートBioBank Japan、Tohoku Medical Megabank
- 対象集団日本人
- 性別男性
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- HumanExome BeadChip Kit
HumanOmniExpress BeadChip Kit
HumanOmniExpressExome BeadChip Kit - プラットフォーム
- Affymetrix Japonica Array
Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome
Illumina Infinium Asian Screening Array - QC・フィルタリング
- サンプル QC：We excluded individuals with a low call rate (< 0.95) and outliers from the PCA-based East Asian cluster.
バリアント QC：Quality control of the variants was conducted using the following criteria: (i) with a low call rate (< 0.99); (ii) with low minor allele counts (< 5); and (iii) with Hardy-Weinberg equilibrium test P value < 1.0 × 10−10.
インピュテーション後のQC：Variants with imputation quality Rsq < 0.3 or minor allele frequency (MAF) < 0.005 were excluded. - インピュテーション
- BBJ：Eagle、Minimac3
JCTF、COVC、HERPACC、JPHC：SHAPEIT4、Minimac4
TMM：SHAPEIT2、IMPUTE4 - 解析方法
- BBJ：SAIGE
JCTF、COVC、HERPACC、JPHC：SAIGE
TMM：regenie
メタ解析：METAL - バリアント数
- 9,062,001 variant (参照：全ゲノム配列データ n = 11,754 例からなる自家製の日本人特異的参照パネル)
- 表現型データの有無
- あり