データセット ID
NHA000202
- データの種類
- 乾癬のGWAS統計量
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 165 MB
- ファイル形式
- DOCX
- ZIP
- 研究
- hum0197
- 公開日
- 2025-07-25
- 更新日
- 2025-07-25
- Secondary ID
- hum0197.v25.PsV-gwas.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| Dictionary_ | Dictionary file | 20.2 KB | |
| hum0197.v25.PsV-gwas.v1.zip | 165 MB |
解析手法
genome wide SNPs
- 材料と対象者
- 乾癬（ICD10：L40）：1,415症例
対照群：3,968名
（一部JGAS000741 / JGAD000876のデータを使用） - 疾患
- 乾癬 (L40)
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq X
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- BWA-MEM （version 0.7.13）
- マッピング品質
- HaplotypeCallerによるコール時にMAPQ≥20のリードのみを使用
- 解析方法
- GATK (version3.8-0) HaplotypeCaller、Manta (version 1.6.0)
PLINK2 + METAL - カバレッジ (深度)
- 18.4x
- バリアント数
- 8,209,780