データセット ID
NHA000197
- データの種類
- JPSC-AD研究参加者のGWAS集計情報
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 161 MB
- ファイル形式
- Markdown
- ZIP
- 研究
- hum0466
- 公開日
- 2024-11-20
- 更新日
- 2024-11-20
- Secondary ID
- hum0466.v1.gwas.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| Readme_ | Dictionary file | 3.5 KB | |
| hum0466.v1.gwas.v1.zip | 161 MB |
解析手法
Genotyping by array (GWAS)
- 材料と対象者
- JPSC-AD研究（ICD10：R90.8）参加者： 9,479名
- 対象者数9479 (人数)
- 疾患
- JPSC-AD研究 (R908)
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina Japanese Screening Array
- QC・フィルタリング
- Sample QC： Gender discrepancy, sample call rate <98%, close relatives, and outliers (distance > 10sd short, 11sd long) were excluded.
Genotyping QC：Hardy-Weinberg equilibrium >1.0x10⁻⁶, call rate >99%, monomorphic, minor allele count <5, and frequency difference >6% with reference panel were excluded.
Imputation後 QC：Variants with minor allele frequency (MAF) <0.5% and Rsq <0.7 were excluded. - インピュテーション
- Imputation reference panel: BioBank Japan(1,037名)＋1000ゲノムプロジェクト(2,504名)(hum0014)
- 解析方法
- Genotype call: GenomeStudio
Genotype imputation: Minimac4 v1.0.0 - バリアント数
- 8,495,153 variants