データセット ID
NHA000196
- データの種類
- 縄文割合のGWAS
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 64.5 MB
- ファイル形式
- DOCX
- ZIP
- 研究
- hum0197
- 公開日
- 2024-10-28
- 更新日
- 2024-10-28
- Secondary ID
- hum0197.v21.gwas-jomon.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| header_ | Dictionary file | 20.4 KB | |
| hum0197.v21.gwas-jomon.v1.zip | 64.5 MB |
解析手法
genome wide SNPs
- 材料と対象者
- バイオバンク・ジャパン第1コホート：171,287名
- 対象者数171,287 (人数)
- コホートBioBank Japan
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- HumanExome BeadChip Kit
HumanOmniExpress BeadChip Kit
HumanOmniExpressExome BeadChip Kit - プラットフォーム
- Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome - QC・フィルタリング
- Sample QC: We excluded (i) individuals with lower call rates (< 99%), (ii) closely related individuals with genetic relatedness ≥ 0.178 calculated from a genetic related matrix (GRM) by GCTA (version 1.93.3beta2). We included samples of the estimated Japanese ancestry using PCA.
Variant QC: We excluded variants with (i) call rate < 99%, (ii) P value for Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) < 1.0 × 10-6, (iii) number of heterozygotes < 5, and (iv) a concordance rate < 99.5% or a non-reference concordance rate between GWAS array and whole genome sequencing.
after association test: Double genomic control correction method using METAL was conducted. Computing Z score for each variant by considering the sign of the beta coefficient and the associated p-value, we left the variants with positive Z score. - インピュテーション
- Eagle、Minimac3
- 解析方法
- 1) GCTA-fastGWA with the adjustment of covariates: age, age2, sex, the top 20 PCs, 45 disease status, geographic regions, and PCA clusters.
2) Fixed-effect meta-analysis of Mainland summary data including individuals from the Mainland and EA_admix clusters (n = 151,075) and of Ryukyu summary data including individuals from the Ryukyu, Ryukyu admix, and Hokkaido_sub clusters (n = 10,080) using METAL - バリアント数
- 3,454,970 SNPs