データセット ID
NHA000193
- データの種類
- COVID19感染者末梢血のRNA-seq解析データ・SNPアレイデータ・タンパク質発現量データより算出したeQTL/pQTLサマリーデータ
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 1.7 GB
- ファイル形式
- TXT
- ZIP
- 研究
- hum0343
- 公開日
- 2024-06-21
- 更新日
- 2024-06-21
- Secondary ID
- hum0343.v3.qtl.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0343.v3.qtl.v1.zip | 1.7 GB | ||
| readme_ | Dictionary file（NHA000193、E-GEAD-759） | 2.2 KB |
解析手法
eQTL/pQTL summary statistics
- 材料と対象者
- COVID-19感染者（ICD-10：U071）：1,405症例 （重症者 995名、軽症者 410名）
うちeQTL解析対象：1,019症例
うちpQTL解析対象：1,384症例
（共通部分：998症例） - 健康状態罹患
- 対象者数1405 (人数)
- 疾患
- COVID-19感染者 (U071)
- 試料説明
- RNA-seqで得られたfastqデータ、およびGWASで用いられたSNPアレイデータならびにタンパク質発現量データ
- 実験方法
- eQTL
pQTL - プラットフォーム
- Illumina Infinium Asian Screening Array
Illumina NovaSeq 6000
Olink Explore 3072 - QC・フィルタリング
- GTEx パイプライン （https://github.com/broadinstitute/gtex-pipeline/）に準拠
- 解析方法
- Gene level quantification and normalization： RSEM (v1.3.0)
Intron cluster quantification： OlinkAnalyze v3.4.1
各遺伝子転写開始点に関して、+-1Mb以内に存在する(= cis)変異(アレルカウント>2)のeQTL効果をfastQTLを用い検定した。
p値が0.05以下または原因変異確率の推定値(=PIP)が0.001以上である変異-遺伝子組の、変異頻度、p値、効果量、PIPをそれぞれsummary dataとした。
各遺伝子転写開始点に関して、+-1Mb以内に存在する(= cis)変異(アレルカウント>2)のpQTL効果をfastQTLを用い検定した。
p値が0.05以下または原因変異確率の推定値(=PIP)が0.001以上である変異-遺伝子組の、変異頻度、p値、効果量、PIPをそれぞれsummary dataとした。 - 加工データの種類
- eQTL 要約統計量
pQTL summary statistics