データセット ID

NHA000190

Name: NHA000190: 腸内微生物叢のGWAS、血中代謝物のGWAS、KEGG Gene OrthologおよびKEGG PathwayのGWAS
Published: 2023-10-02

データの種類: 腸内微生物叢のGWAS
血中代謝物のGWAS
KEGG Gene OrthologおよびKEGG PathwayのGWAS
アクセス制限: 非制限公開
総データ量: 320 GB
ファイル形式: TSV
DOCX
研究: hum0197
公開日: 2023-10-02
更新日: 2023-10-02
Secondary ID: hum0197.v18.gwas.v1

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表示件数

20 50 100

621–640 / 732 件

ファイル名	ラベル	サイズ
microbiome_L7_species_Parabacteroides_gordonii_QCed_sumstats.tsv.gz	Parabacteroides_gordonii	526 MB
microbiome_L7_species_Parabacteroides_johnsonii_QCed_sumstats.tsv.gz	Parabacteroides_johnsonii	525 MB
microbiome_L7_species_Parabacteroides_merdae_QCed_sumstats.tsv.gz	Parabacteroides_merdae	525 MB
microbiome_L7_species_Parabacteroides_sp_QCed_sumstats.tsv.gz	Parabacteroides_sp	524 MB
microbiome_L7_species_Paraprevotella_clara_QCed_sumstats.tsv.gz	Paraprevotella_clara	525 MB
microbiome_L7_species_Paraprevotella_xylaniphila_QCed_sumstats.tsv.gz	Paraprevotella_xylaniphila	526 MB
microbiome_L7_species_Parasutterella_excrementihominis_QCed_sumstats.tsv.gz	Parasutterella_excrementihominis	527 MB
microbiome_L7_species_Pediococcus_acidilactici_QCed_sumstats.tsv.gz	Pediococcus_acidilactici	525 MB
microbiome_L7_species_Peptoanaerobacter_stomatis_QCed_sumstats.tsv.gz	Peptoanaerobacter_stomatis	526 MB
microbiome_L7_species_Peptoniphilus_sp_QCed_sumstats.tsv.gz	Peptoniphilus_sp	523 MB
microbiome_L7_species_Peptostreptococcaceae_bacterium_QCed_sumstats.tsv.gz	Peptostreptococcaceae_bacterium	527 MB
microbiome_L7_species_Peptostreptococcus_anaerobius_QCed_sumstats.tsv.gz	Peptostreptococcus_anaerobius	526 MB
microbiome_L7_species_Phascolarctobacterium_sp_QCed_sumstats.tsv.gz	Phascolarctobacterium_sp	526 MB
microbiome_L7_species_Phascolarctobacterium_succinatutens_QCed_sumstats.tsv.gz	Phascolarctobacterium_succinatutens	527 MB
microbiome_L7_species_Porphyromonas_somerae_QCed_sumstats.tsv.gz	Porphyromonas_somerae	525 MB
microbiome_L7_species_Porphyromonas_sp_QCed_sumstats.tsv.gz	Porphyromonas_sp	523 MB
microbiome_L7_species_Porphyromonas_uenonis_QCed_sumstats.tsv.gz	Porphyromonas_uenonis	525 MB
microbiome_L7_species_Prevotella_amnii_QCed_sumstats.tsv.gz	Prevotella_amnii	522 MB
microbiome_L7_species_Prevotella_bivia_QCed_sumstats.tsv.gz	Prevotella_bivia	523 MB
microbiome_L7_species_Prevotella_buccae_QCed_sumstats.tsv.gz	Prevotella_buccae	524 MB

621–640 / 732 件

解析手法

genome wide SNPs

材料と対象者: 日本人集団：524名（423種の微生物）
日本人集団：362名（306種の代謝物）
日本人集団：524名（KEGG Gene OrthologおよびKEGG Pathway）; 対象者数
524 (人数)
対象集団
日本人
試料説明: 末梢血から抽出したDNA; 組織
末梢血
腫瘍 / 非腫瘍
非腫瘍
実験方法: Genotyping by array
WGS
試薬キット: Infinium Asian Screening Array Kit
KAPA Hyper Prep Kit
TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit
プラットフォーム: Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq 3000
Illumina HiSeq X
Illumina Infinium Asian Screening Array
Illumina NovaSeq 6000
参照ゲノム: GRCh37
QC・フィルタリング: ・SNP array data：
サンプル QC：We excluded individuals with low genotyping call rates (call rate < 98%). We included individuals of the estimated Asian ancestry using PCA.
バリアント QC：We excluded variants with (1) genotyping call rate < 99%, (2) minor allele count < 5, (3) P-value for Hardy-Weinberg equilibrium < 1.0 × 10^−10, and (4) > 5% allele frequency difference compared with the imputation reference panel or the allele frequency panel of Tohoku Medical Megabank Project.
インピュテーション後のQC：We excluded imputed variants with Rsq < 0.7 and minor allele frequency < 1%.
・WGS：
We excluded variants with genotype call rate <90%, ExcessHet > 60, Hardy-Weinberg P<1.0×10−10
After imputation with Beagle v5.1, we excluded imputed variants with minor allele frequency < 1%.
インピュテーション: ハプロタイプフェージング: shapeit4
インピュテーション: minimac4
解析方法: ・SNP array:
遺伝子型決定: GenomeStudio
・WGS:
WA-MEM v0.7.13、GATK v3.8-0
PLINK2
バリアント数: 腸内微生物叢/KEGG (SNP array): 7,213,470 variants
血中代謝物 (WGS): 6,840,258 variants
加工データの種類: GWAS 要約統計量
表現型データの有無: あり
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)