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NBDC ヒトデータベース

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システムメンテナンスに伴い、以下の日程で、NBDCヒトデータベース申請システムならびにヒトデータ審査委員会による審査が停止いたします。
停止期間：2026年10月5日(月) 9:00 ～ 10月7日(水) 15:00
ご迷惑をおかけしますが、どうぞ宜しくお願いいたします。

現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです

2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします

データセット ID

NHA000190

データの種類
腸内微生物叢のGWAS
血中代謝物のGWAS
KEGG Gene OrthologおよびKEGG PathwayのGWAS
アクセス制限
非制限公開
総データ量
320 GB
ファイル形式
  • TSV
  • DOCX
研究
hum0197
公開日
2023-10-02
更新日
2023-10-02
Secondary ID
hum0197.v18.gwas.v1

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表示件数
20
2050100

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metabo_A_0031_QCed_sumstats.tsv.gzリンゴ酸318 MB
metabo_A_0032_QCed_sumstats.tsv.gzトレオン酸318 MB
metabo_A_0034_QCed_sumstats.tsv.gzエタノールアミンリン酸318 MB
metabo_A_0035_QCed_sumstats.tsv.gzオクタン酸318 MB
metabo_A_0036_QCed_sumstats.tsv.gzXA0004318 MB
metabo_A_0038_QCed_sumstats.tsv.gz2-オキソグルタル酸318 MB
metabo_A_0039_QCed_sumstats.tsv.gz2-ヒドロキシグルタル酸318 MB
metabo_A_0043_QCed_sumstats.tsv.gz3-フェニルプロピオン酸318 MB
metabo_A_0045_QCed_sumstats.tsv.gzペラルゴン酸318 MB
metabo_A_0047_QCed_sumstats.tsv.gz8-ヒドロキシオクタン酸・2-ヒドロキシオクタン酸-1318 MB
metabo_A_0051_QCed_sumstats.tsv.gzテレフタル酸318 MB
metabo_A_0052_QCed_sumstats.tsv.gzペリル酸318 MB
metabo_A_0054_QCed_sumstats.tsv.gz尿酸318 MB
metabo_A_0058_QCed_sumstats.tsv.gzデカン酸318 MB
metabo_A_0059_QCed_sumstats.tsv.gzXA0013318 MB
metabo_A_0060_QCed_sumstats.tsv.gzcis-アコニット酸319 MB
metabo_A_0062_QCed_sumstats.tsv.gzインドール-3-酢酸318 MB
metabo_A_0064_QCed_sumstats.tsv.gz馬尿酸318 MB
metabo_A_0065_QCed_sumstats.tsv.gzホモバニリン酸318 MB
metabo_A_0068_QCed_sumstats.tsv.gz3-ホスホグリセリン酸318 MB

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解析手法

genome wide SNPs

材料と対象者
日本人集団：524名（423種の微生物）
日本人集団：362名（306種の代謝物）
日本人集団：524名（KEGG Gene OrthologおよびKEGG Pathway）
  • 対象者数
    524 (人数)
  • 対象集団
    日本人
試料説明
末梢血から抽出したDNA
  • 組織
    末梢血
  • 腫瘍 / 非腫瘍
    非腫瘍
実験方法
Genotyping by array
WGS
試薬キット
Infinium Asian Screening Array Kit
KAPA Hyper Prep Kit
TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit
プラットフォーム
Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq 3000
Illumina HiSeq X
Illumina Infinium Asian Screening Array
Illumina NovaSeq 6000
参照ゲノム
GRCh37
QC・フィルタリング
・SNP array data：
サンプル QC：We excluded individuals with low genotyping call rates (call rate < 98%). We included individuals of the estimated Asian ancestry using PCA.
バリアント QC：We excluded variants with (1) genotyping call rate < 99%, (2) minor allele count < 5, (3) P-value for Hardy-Weinberg equilibrium < 1.0 × 10^−10, and (4) > 5% allele frequency difference compared with the imputation reference panel or the allele frequency panel of Tohoku Medical Megabank Project.
インピュテーション後のQC：We excluded imputed variants with Rsq < 0.7 and minor allele frequency < 1%.
・WGS：
We excluded variants with genotype call rate <90%, ExcessHet > 60, Hardy-Weinberg P<1.0×10−10
After imputation with Beagle v5.1, we excluded imputed variants with minor allele frequency < 1%.
インピュテーション
ハプロタイプフェージング: shapeit4
インピュテーション: minimac4
解析方法
・SNP array:
遺伝子型決定: GenomeStudio
・WGS:
WA-MEM v0.7.13、GATK v3.8-0
PLINK2
バリアント数
腸内微生物叢/KEGG (SNP array): 7,213,470 variants
血中代謝物 (WGS): 6,840,258 variants
加工データの種類
GWAS 要約統計量
表現型データの有無
あり
利用ポリシー
NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)