データセット ID
NHA000186
- データの種類
- 水疱性類天疱瘡のGWAS
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 43.0 MB
- ファイル形式
- XLSX
- ZIP
- 研究
- hum0163
- 公開日
- 2023-04-21
- 更新日
- 2023-04-21
- Secondary ID
- hum0163.v3.BPgwas.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0163.v3.BPgwas.v1.zip | 43.0 MB | ||
| hum0163.v3_ | Dictionary file | 9.8 KB |
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- 水疱性類天疱瘡（ICD10：L12.0）：90症例
対照健常者（日本人由来B細胞株）：737検体 - 健康状態混在
- 対象者数827 (混在)
- 対象集団日本人
- 疾患
- 水疱性類天疱瘡 (L120)
- 試料説明
- 水疱性類天疱瘡患者の末梢血およびB細胞株から抽出したDNA
- 組織B cell line、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 細胞株
- Japanese B cell line
- 試料の入手元
- 日本人由来B細胞株（PSC細胞株）：財団法人ヒューマンサイエンス振興財団より購入
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- HumanOmniExpressExome BeadChip Kit
- プラットフォーム
- Illumina HumanOmniExpressExome
- 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- sample call rate < 0.99、SNP call rate < 0.99、HWE-P < 1x10^-6
- 解析方法
- GenCall software（GenomeStudio）
- バリアント数
- 526,267 SNPs (常染色体)