データセット ID
NHA000183
- データの種類
- BBJ第1コホート4,880名のmobile element多型頻度情報
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 1.1 MB
- ファイル形式
- TXT
- ZIP
- 研究
- hum0014
- 公開日
- 2023-04-05
- 更新日
- 2023-04-05
- Secondary ID
- hum0014.v28.MEs.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| header_ | Dictionary file | 365 B | |
| hum0014.v28.MEs.v1.zip | 1.1 MB |
解析手法
Mobile element variations (WGS)
- 材料と対象者
- BBJ第1コホート4880名のWGSデータ（下記データを含む）
・1,026名のWGSデータ（JGAD000220）
・心筋梗塞症例1,765名および認知症症例199名のWGSデータ（JGAD000495）
・胃がん症例255名のWGSデータ（AGDD_000005）
・アジアゲノムプロジェクトの1007名
・大腸・直腸がん症例の617名
・AGDD_000005のQCで除かれた1名
・JGAD000220のQCで除かれた10名 - コホートBioBank Japan
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq X - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 151 bp (HiSeq X)
126 bp (HiSeq 2500) - 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- BWA-MEM
- マッピング品質
- N/A
- QC・フィルタリング
- N/A
- 解析方法
- MEGAnE *2
- カバレッジ (深度)
- 15x (以上)
1235名: 25x (以上) - バリアント数
- 24,933 (4880名)
10,997 (1235名)