データセット ID
NHA000175
- データの種類
- AESD症例のGWAS統計情報
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 9.0 MB
- ファイル形式
- XLSX
- ZIP
- 研究
- hum0347
- 公開日
- 2022-07-15
- 更新日
- 2022-07-15
- Secondary ID
- hum0347.v2.gwas.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0347.v2.gwas.v1.zip | 9.0 MB | ||
| hum0347_ | Dictionary file | 10.8 KB |
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- けいれん重積型急性脳症 （ICD-10：G934）：254症例
対照健常者：799名 - 健康状態混在
- 対象者数1053 (人数)
- 疾患
- けいれん重積型急性脳症 (G934)
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Axiom 2.0 Reagent Kit
- プラットフォーム
- Affymetrix Japonica Array
- 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- 以下の条件のものを除外：
サンプルQC：
（1） Sample Call rate < 0.97
（2） 血縁関係者（PI_HAT > 0.1875）
（3） サンプル集団中主成分分析により、見かけ上外れ値となったサンプル
SNP QC：
（1） SNP call rate < 0.99
（2） HWE P < 0.0001
（3） MAF < 0.05
（4） 性染色体とミトコンドリア上に位置しているSNP - 解析方法
- Affymetrix Power Tools ver. 1.18.2
- バリアント数
- 常染色体: 445,917 SNPs