データセット ID

NHA000173

Name: NHA000173: 9形質のGWAS
Published: 2022-06-16

データの種類: 9形質のGWAS
アクセス制限: 非制限公開
総データ量: 14.3 GB
ファイル形式: TXT
DOCX
ZIP
研究: hum0197
公開日: 2022-06-16
更新日: 2022-06-16
Secondary ID: hum0197.v10.gwas.v1

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表示件数

20 50 100

21–26 / 26 件

ファイル名	ラベル	サイズ
hum0197.v10.PO.UKB.txt.gz	疾患名: 花粉症 / 略称: PO / ICD10: J301 / 対象疾患罹患者／対照者: 26,758名／291,471名（UKB）	920 MB
hum0197.v10.RA.BBJ.txt.gz	疾患名: 関節リウマチ / 略称: RA / ICD10: M05 / 対象疾患罹患者／対照者: 2,370名／142,192名（BBJ）	671 MB
hum0197.v10.RA.UKB.txt.gz	疾患名: 関節リウマチ / 略称: RA / ICD10: M05 / 対象疾患罹患者／対照者: 5,065名／291,471名（UKB）	914 MB
hum0197.v10.T1D.BBJ.txt.gz	疾患名: Ⅰ型糖尿病 / 略称: T1D / ICD10: E10 / 対象疾患罹患者／対照者: 638名／142,192名（BBJ）	665 MB
hum0197.v10.T1D.UKB.txt.gz	疾患名: Ⅰ型糖尿病 / 略称: T1D / ICD10: E10 / 対象疾患罹患者／対照者: 914名／291,471名（UKB）	874 MB
hum0197.v10.gwas.GCT.v1.zip		228 MB

21–26 / 26 件

解析手法

genome wide SNPs

材料と対象者: バイオバンク・ジャパン（161,801名）、UKバイオバンク（377,581名）
疾患群：自己免疫疾患 [関節リウマチ（ICD10：M05）、バセドウ病（ICD10：E050）、1型糖尿病（ICD10：E10）]
アレルギー疾患 [気管支喘息（ICD10：J45）、アトピー性皮膚炎（ICD10：L20）、花粉症（ICD10：J301）]
対照群：自己免疫・アレルギー疾患を有さない登録者
（各コホート内で疾患群間にはサンプルオーバーラップあり）
形質数：9; コホート
BioBank Japan、UK Biobank
疾患: 関節リウマチ (M05)
バセドウ病 (E050)
1型糖尿病 (E10)
気管支喘息 (J45)
アトピー性皮膚炎 (L20)
花粉症 (J301)
試料説明: 末梢血から抽出したDNA; 組織
末梢血
試料の入手元: N/A
実験方法: Genotyping by array
測定対象: N/A
プラットフォーム: Applied Biosystems UK BiLEVE Axiom Array
Applied Biosystems UK Biobank Axiom Array
Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome
QC・フィルタリング: Rsq < 0.7 および MAF < 0.005 のバリアントを除外
インピュテーション: BBJ：Eagle、Minimac3
UK Biobank：IMPUTE4
解析方法: SAIGE software was used with age, sex, and top five principal components as covariates
RE2C software was used for the multi-trait meta-analysis adjusting for sample overlap between GWAS summary data
バリアント数: BBJ（個々の形質）: 8,374,220 variants (常染色体)
BBJ（メタ解析）: 8,369,174 variants (常染色体)
UK Biobank（個々の形質）: 10,864,380 variants (常染色体)
UK Biobank（メタ解析）: 10,858,065 variants (常染色体)
BBJ＋UK Biobank（メタ解析）: 5,965,154 variants (常染色体)
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)