データセット ID
NHA000172
- データの種類
- COVID19感染者末梢血のRNA-seq解析データ・SNPアレイデータより算出したeQTL/sQTLサマリーデータ
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 749 MB
- ファイル形式
- TXT
- ZIP
- 研究
- hum0343
- 公開日
- 2022-06-14
- 更新日
- 2022-06-14
- Secondary ID
- hum0343.v2.qtl.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0343.v2.qtl.v1.zip | 749 MB | ||
| taskforce_ | Dictionary file | 3.0 KB |
解析手法
eQTL/sQTL summary statistics
- 材料と対象者
- COVID-19感染者（ICD-10：U071）：465症例 （重症者 359名、軽症者 106名）
- 健康状態罹患
- 対象者数465 (人数)
- 疾患
- COVID-19感染者 (U071)
- 試料説明
- RNA-seqで得られたfastqデータ、およびGWASで用いられたSNPアレイデータ
- 実験方法
- eQTL
sQTL - プラットフォーム
- Illumina Infinium Asian Screening Array
Illumina NovaSeq 6000 - QC・フィルタリング
- GTEx パイプライン （https://github.com/broadinstitute/gtex-pipeline/）に準拠
- 解析方法
- Gene level quantification and normalization： RSEM (v1.3.3)
Intron cluster quantification： LeafCutter（ v0.2.7）
各遺伝子転写開始点に関して、+-1Mb以内に存在する（= cis）変異（頻度>1%）のeQTL効果をfastQTLを用い検定した。
p値が0.05以下である変異-遺伝子組の、変異頻度、p値、効果量、原因変異確率の推定値（=PIP）をsummary dataとした。
各遺伝子転写開始点に関してtrans-eQTL効果はtensorQTLを用い検定した。
p値が5.0*10^8以下である変異-遺伝子組の、変異頻度、p値、効果量をsummary dataとした。
各イントロン分岐点に関して、+-1Mb以内に存在する変異（頻度>1%）のsQTL効果をfastQTLを用い検定した。
p値が0.05以下である変異-イントロン領域組の、変異頻度、p値、効果量、PIPをsummary dataとした。 - 加工データの種類
- eQTL 要約統計量
sQTL summary statistics