データセット ID
NHA000170
- データの種類
- タイ人B型肝炎 329症例、および、
タイ人健常対照者 318名のGWAS - アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 187 MB
- ファイル形式
- XLSX
- ZIP
- 研究
- hum0075
- 公開日
- 2022-05-27
- 更新日
- 2022-05-27
- Secondary ID
- hum0075.v3.Thai-gwas.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0075.v3.Thai-gwas.v1.zip | 187 MB | ||
| hum0075.v3.Thai-gwas.v1_ | Dictionary file | 9.9 KB |
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- タイ人B型肝炎（ICD10：B169）：329症例
（肝がん（ICD10：C220）を併発している患者を含む）
タイ人健常対照者：318名 - 健康状態混在
- 対象者数647 (人数)
- 対象集団タイ人
- 疾患
- タイ人B型肝炎 (B169)
肝がん (C220) - 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Axiom 2.0 Reagent Kit
- プラットフォーム
- Affymetrix Axiom Genome-Wide ASI 1 Array
- 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- Imputation前の対象SNP除去：SNP call rate < 0.97、MAF < 0.01、HWE P < 1×10^-6
Imputation後の対象SNP除去：info metric < 0.8 - インピュテーション
- IMPUTE2 software (v2.3.2) with 1000 Genomes phase III reference panel
- 解析方法
- Genotyping Console software (v4.2.0.26)
- バリアント数
- 6,317,183 (常染色体のバリアント)
- 加工データの種類
- 変異コール