データセット ID
NHA000168
- データの種類
- COVID19感染者末梢血のNGS（RNA-seq）から得られたリードカウントデータ
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 6.3 MB
- ファイル形式
- CSV
- ZIP
- 研究
- hum0343
- 公開日
- 2022-05-26
- 更新日
- 2022-05-26
- Secondary ID
- hum0343.v1.count.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| JCTF_ | サンプル情報 | 12.7 KB | |
| RNAseq_ | 6.3 MB |
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- COVID-19感染者（ICD-10：U071）：473症例
- 健康状態罹患
- 対象者数473 (人数)
- 疾患
- COVID-19感染者 (U071)
- 試料説明
- 末梢血より抽出したRNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Poly(A) mRNA Magnetic Isolation Module
NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit for Illumina - 断片化
- Mg2+含有バッファー中94°C 15分間にて加熱処理
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- Adapter removal： Trimmomatic (v0.39)
Alignment： STAR (v2.7.9a)
Annotation： GENCODE v30 - QC・フィルタリング
- median transcripts per kilobase million (TPM) > 10
- 解析方法
- Gene level quantification and normalization： RSEM (v1.3.3)
- 遺伝子数
- 5991
- 加工データの種類
- カウントデータ