データセット ID
NHA000161
- データの種類
- アルツハイマー病のGWAS
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 142 MB
- ファイル形式
- DOCX
- ZIP
- 研究
- hum0237
- 公開日
- 2021-03-05
- 更新日
- 2021-03-05
- Secondary ID
- hum0237.v1.gwas.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| Dictionary_ | Dictionary file | 19.7 KB | |
| hum0237_ | 142 MB |
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- アルツハイマー病（ICD10：F00）：3,962症例
非アルツハイマー病：4,074名 - 健康状態混在
- 対象者数8036 (人数)
- 疾患
- アルツハイマー病 (F00)
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Axiom 2.0 Reagent Kit
- プラットフォーム
- Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0
Affymetrix Japonica Array - QC・フィルタリング
- サンプルQCs：
（1）性情報とX染色体近交係数から予測される性の不一致
（2）近交係数：ヘテロ接合度 < 0.1
（3）サンプル内genotypeコール率 < 0.95
（4）血縁係数 > 0.2
（5）主成分分析によって東アジア集団（1000 Genomes Phase 3）クラスターから外れた検体
マーカー (SNPs・Indels) QCs：
（1）マーカー内genotypingコール率 < 0.95
（2）マイナーアリル頻度（MAF） < 0.001
（3）HWE P < 0.001 - インピュテーション
- IMPUTE2 with 3.5KJPN (ToMMo)
IMPUTE2 with 1000 Genomes Project reference panel（1000 Genomes Phase 3） - 解析方法
- Axiom Analysis suite 1.1.1.66
- バリアント数
- 4,852,957 SNVs
- 加工データの種類
- GWAS 要約統計量