データセット ID
NHA000144
- データの種類
- 日本人集団165,084名における食習慣のGWAS
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 429 MB
- ファイル形式
- HTML
- ZIP
- 研究
- hum0014
- 公開日
- 2020-04-20
- 更新日
- 2020-04-20
- Secondary ID
- hum0014.v19.sfish.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0014.v19.sfish.v1.zip | 小魚摂取頻度 | 429 MB | |
| hum0014_ | Dictionary file | 32.9 KB |
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- 165,084名の食習慣（13項目）
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome - 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- GenotypingのQC：sample call rate < 0.98, SNV call rate < 0.99, MAF < 0.005
Imputation referenceのQC:
HWE P < 1 x 10^-6、MAF < 0.01に該当するSNVを除外
Imputation後のQC:
Imputation quality (Rsq) < 0.7 and MAF < 0.01を除外 - インピュテーション
- minimac (v.0.1.1) [imputation(1000 genomes Phase I v3 )]
- 解析方法
- GenCall software(GenomeStudio)
MACH - バリアント数
- 常染色体: 5,961,480 variants
X染色体: 148,568 variants (女性)
170,117 variants (男性)