データセット ID
NHA000084
- データの種類
- 日本人集団165,436名における喫煙習慣のGWAS
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 2.0 GB
- ファイル形式
- HTML
- ZIP
- 研究
- hum0014
- 公開日
- 2019-03-26
- 更新日
- 2019-03-26
- Secondary ID
- hum0014.v14.smok.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0014.v14.asi.v1.zip | 喫煙開始年齢 | 482 MB | |
| hum0014.v14.cpd.v1.zip | 喫煙本数 | 493 MB | |
| hum0014.v14.ens.v1.zip | 喫煙歴 | 496 MB | |
| hum0014.v14.fcs.v1.zip | 禁煙歴の有無 | 495 MB | |
| hum0014_ | Dictionary file | 25.3 KB |
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- 165,436名の喫煙習慣データ
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome - 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- GenotypingのQC：sample call rate < 0.98, SNV call rate < 0.99, HWE P < 1 x 10^-6
Imputation referenceのQC:
以下の条件に該当するSNVはreferenceから除外:
1) HWE P < 1 x 10^-6、2) MAF < 0.01
Imputation後のQC:
Imputation quality (Rsq) < 0.7 and MAF < 0.01を除外 - インピュテーション
- minimac [imputation（1000 genomes Phase I v3 ）]
- 解析方法
- GenCall software（GenomeStudio）
- バリアント数
- 常染色体: 5,961,480 SNVs
男性X染色体(喫煙開始年齢): 163,412 SNVs
女性X染色体(喫煙開始年齢): 146,130 SNVs
男性X染色体(喫煙本数): 166,111 SNVs
女性X染色体(喫煙本数): 146,114 SNVs
男性X染色体(喫煙歴): 166,138 SNVs
女性X染色体(喫煙歴): 146,146 SNVs
男性X染色体(禁煙歴の有無): 166,142 SNVs
女性X染色体(禁煙歴の有無): 146,118 SNVs