データセット ID
NHA000075
- データの種類
- 2型糖尿病腎症2,809症例および
2型糖尿病対照5,592症例のGWASメタ解析 - アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 318 MB
- ファイル形式
- XLSX
- ZIP
- 研究
- hum0014
- 公開日
- 2018-12-10
- 更新日
- 2018-12-10
- Secondary ID
- hum0014.v12.T2DMwN.v1, hum0014.v12.T2DMw.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| header_ | Dictionary file | 11.5 KB | |
| hum0014.v12.T2DMwN.v1.zip | 318 MB |
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- [GWAS-1]
2型糖尿病腎症：2,380症例、2型糖尿病対照（腎症非発症群）：5,234症例
[GWAS-2]
2型糖尿病腎症：429症例、2型糖尿病対照（腎症非発症群）：358症例 - 健康状態罹患
- 対象者数8401 (人数)
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Human610-Quad BeadChip Kit
HumanOmniExpressExome BeadChip Kit - プラットフォーム
- Illumina Human610-Quad
Illumina HumanOmniExpressExome - 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- sample call rate < 0.98, SNV call rate < 0.99, MAF < 0.1%,
対照者群で HWE P < 1 x 10⁻⁶ - インピュテーション
- MACH and Minimac(1000 Genomes phased JPT, CHB and Han Chinese South data n = 275, March 2012)
- 解析方法
- GenCall software（GenomeStudio）
- バリアント数
- 7,521,072 SNPs