データセット ID
NHA000071
- データの種類
- 日本人B型肝炎ワクチン（ビームゲン）接種者1,193名のGWAS統計情報
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 7.5 MB
- ファイル形式
- XLSX
- ZIP
- 研究
- hum0136
- 公開日
- 2018-05-22
- 更新日
- 2018-05-22
- Secondary ID
- hum0136.v1.gwas.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0136.v1.gwas.v1.zip | 7.4 MB | ||
| hum0136_ | Dictionary file | 17.7 KB |
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- 日本人B型肝炎ワクチン（ビームゲン）接種者（Total：1,193名）
・ワクチン低反応群（107名、HBsAb 10mIU/mL以下）
・ワクチン中反応群（351名、HBsAb 10mIU/mL超、100 mIU/mL以下）
・ワクチン高反応群（735名、HBsAb 100mIU/mL超）
日本人B型肝炎ワクチン（ビームゲン）接種者（30歳未満：864名）
・ワクチン低反応群（56名、HBsAb 10mIU/mL以下）
・ワクチン中反応群（226名、HBsAb 10mIU/mL超、100 mIU/mL以下）
・ワクチン高反応群（582名、HBsAb 100mIU/mL超） - 健康状態健常
- 対象者数1193 (人数)
- 対象集団日本人
- 年齢層混在
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Axiom 2.0 Reagent Kit
- プラットフォーム
- Affymetrix Axiom Genome-Wide ASI 1 Array
- 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- overall call rate < 0.95、SNP call rate < 0.95、
HWE P < 0.001、MAF < 0.05、Regression P < 0.05 - 解析方法
- GenCall software（Genotyping Console ver. 4.2.0.26）
- バリアント数
- ① 低反応群: 0、中反応群: 1、高反応群: 2、とした回帰分析(年齢・性別で補正): 22,044 SNPs (Figure 2)
② 30歳未満のみを対象とした、低反応群: 0、中反応群: 1、高反応群: 2、とした回帰分析(年齢・性別で補正): 21,580 SNPs (Supplementary Figure 4)
③ 低反応群: 0、高反応群: 1、とした回帰分析(年齢・性別で補正): 23,765 SNPs (Supplementary Figure 5)