データセット ID
NHA000053
- データの種類
- 158,284名のBMIのGWAS
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 417 MB
- ファイル形式
- HTML
- ZIP
- 研究
- hum0014
- 公開日
- 2017-09-08
- 更新日
- 2017-09-08
- Secondary ID
- hum0014.v6.158k.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0014.v6.158k.v1.zip | GWAS | 416 MB | |
| hum0014_ | Dictionary file | 25.5 KB | |
| hum0014_ | 遺伝型情報に関する詳細（JGAD000123、JGAD000124） | 29.6 KB | |
| hum0014_ | アレイプローブの取り扱いに関する情報（JGAD000123、JGAD000124） | 27.5 KB |
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- 182,505名（内、BMI研究で使用した対象数：158,284名）
- 対象者数182,505 (人数)
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- HumanExome BeadChip Kit
HumanOmniExpress BeadChip Kit
HumanOmniExpressExome BeadChip Kit - プラットフォーム
- Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome - 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- GenotypingのQC：sample call rate < 0.98, SNV call rate < 0.99, HWE P < 1 x 10^-6
Imputation referenceのQC:
以下の条件に該当するSNVはreferenceから除外:
1) HWE P < 1 x 10^-6、2) MAF < 0.01
Imputation後のQC:
Imputation quality (Rsq) < 0.7 を除外。 - インピュテーション
- minimac [imputation（1000 genomes Phase I v3 ）]
- 解析方法
- GenCall software（GenomeStudio）
- バリアント数
- 常染色体: 6,000,000 SNVs (約)
X染色体: 150,000 SNVs (約) - 加工データの種類
- 遺伝子型データ
GWAS 要約統計量 - 表現型データの有無
- あり