データセット ID
NHA000006
- データの種類
- 食道がん182症例の遺伝子型カウント情報
（JSNPのデータ） - アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 6.8 MB
- ファイル形式
- XLSX
- ZIP
- 研究
- hum0014
- 公開日
- 2015-12-28
- 更新日
- 2015-12-28
- Secondary ID
- hum0014.v2.jsnp.182ec.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0014.v2.jsnp.182ec.v1.zip | 6.7 MB | ||
| hum0014.v2.jsnp.182ec_ | Dictionary file | 33.6 KB |
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- 食道がん：182症例（JSNP）
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HumanHap550
- QC・フィルタリング
- Sample Call rate < 0.98, SNP call rate < 0.99, HWE P < 1 x 10^-6
- 解析方法
- GenCall software（GenomeStudio）
- バリアント数
- 503,734 SNPs