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NBDC ヒトデータベース
JGAD001065
公開日
2026-07-30

更新日
2026-07-30

研究
hum0210

データの種類
NGS(RNA-seq)

アクセス制限
制限公開(Type I)

JGA Study
JGAS000921

解析手法

RNA-seq

材料と対象者

成人T細胞白血病リンパ腫(ICD10: C91.5): 5症例
   PDX 5モデルから採取した腫瘍細胞(1症例から1モデルずつ作製): 計30検体
   vehicle群: 3検体ずつ
   MALT1阻害薬CRD-1441551投与群: 3検体ずつ

実験方法

RNA-seq

プラットフォーム

MGI [DNBSEQ-G400]

試料説明

PDX腫瘍細胞より抽出したRNA

ライブラリ構築

NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit

断片化

上記キットに準拠 (化学反応、熱処理)

リードタイプ

Paired-end

リード長

150 bp

マッピング

STAR (v2.5.3a)

マッピング品質

PDX由来リードから Xenome を用いてマウス由来と判定されたリードを除去し、ヒト由来と判定されたリードのみを抽出。マッピング後は、過剰なミスマッチ・多重マッピング・十分なアラインメント長を満たさないリードを除外した (mapped-only、unmapped 非含有) 。

リファレンス配列

hg19

JGAデータセットAccession
総データ量

64.8 GB(bam)

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