データセット ID
JGAD001065
- データの種類
- NGS（RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 64.8 GB
- ファイル形式
- BAM
- 研究
- hum0210
- 公開日
- 2026-08-03
- 更新日
- 2026-08-03
- DDBJ Search
- JGAD001065 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000921 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- 成人T細胞白血病リンパ腫（ICD10：C91.5）：5症例
PDX 5モデルから採取した腫瘍細胞（1症例から1モデルずつ作製）：計30検体
vehicle群：3検体ずつ
MALT1阻害薬CRD-1441551投与群：3検体ずつ - 健康状態罹患
- 対象者数5 (人数)
- 疾患
- 成人T細胞白血病リンパ腫
- 試料説明
- PDX腫瘍細胞より抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
- 上記キットに準拠（化学反応、熱処理）
- プラットフォーム
- MGI DNBSEQ-G400
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- STAR（v2.5.3a）
- マッピング品質
- PDX由来リードから Xenome を用いてマウス由来と判定されたリードを除去し、ヒト由来と判定されたリードのみを抽出。マッピング後は、過剰なミスマッチ・多重マッピング・十分なアラインメント長を満たさないリードを除外した（mapped-only、unmapped 非含有）。